挂靠的网店若存在违法行为，一般由市场监督管理部门或相关执法机构进行处理。以下是对此问题的详细分析：
一、挂靠网店违法行为的性质与处理机构
挂靠网店，即一个网店挂靠在另一个具有合法经营资质的网店或企业名下进行运营。若这种挂靠行为本身或挂靠后的运营活动违反了相关法律法规，如未经许可从事特定商品或服务的销售、虚假宣传、侵犯知识产权等，那么这种行为就构成了违法行为。
对于此类违法行为，市场监督管理部门是主要的执法机构。他们负责监管市场秩序，打击不正当竞争和违法行为，包括对挂靠网店违法行为的查处。此外，如果挂靠网店的行为涉及其他专门领域的违法，如税务违法，那么税务部门等相应执法机构也会介入处理。
二、处理流程与法律依据
调查取证：市场监督管理部门或其他执法机构在接到举报或发现挂靠网店存在违法行为后，会进行调查取证，收集相关证据以确认违法事实。
行政处罚：一旦确认违法事实，执法机构会根据相关法律法规对挂靠网店进行行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。
法律追究：如果挂靠网店的违法行为构成犯罪，如销售假冒伪劣商品、侵犯知识产权等，那么相关责任人还可能面临刑事追究，由司法机关依法进行审理和判决。
三、法律建议与风险提示
合规经营：对于网店经营者而言，应确保自己的经营行为符合相关法律法规的要求，避免进行挂靠等可能引发法律风险的运营方式。
及时整改：如果网店已经存在挂靠等违法行为，应尽快进行整改，消除违法状态，以避免面临更严重的法律后果。
寻求法律帮助：如果网店经营者对相关法律法规不了解或存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
挂靠的网店若存在违法行为，将由市场监督管理部门或相关执法机构进行处理。网店经营者应严格遵守相关法律法规，确保合规经营，以避免面临法律风险和处罚。如果您在网店经营过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和帮助。