当两辆摩托车发生碰撞且不清楚谁的责任时，可以按照以下步骤处理，并依据相关因素判定责任：
一、现场处理与证据保留
- 确保安全：首先，要确保现场所有人员的安全，防止二次事故的发生。如果有人员受伤，应立即拨打急救电话。
- 报警处理：接着，应尽快拨打交通管理部门的电话报案，等待交警前来处理。在等待期间，可以尝试用手机拍摄现场照片或视频，以保留证据。
- 保留证据：除了现场照片和视频外，还应保留车辆损坏的相关证据，如维修发票等。这些证据在后续的责任认定和赔偿协商中都将起到重要作用。
二、责任判定依据
在交警到达现场后，他们会进行勘查、询问情况并做笔录，以认定事故责任。责任判定主要依据以下几个方面：
行驶状况：查看事发时双方的行驶状况，如是否有违规变道、超速、逆行等行为。如果一方存在明显的违规行为，并且该行为与事故的发生有直接的因果关系，那么这一方可能被判定为主要责任或全部责任。
- 例子：如果摩托车A在红灯时未停车等待，而是直接闯红灯通过，与正常行驶的摩托车B发生碰撞，那么A很可能被判定为主要责任或全部责任。
碰撞部位：观察事故现场的碰撞部位。如果一方的车辆部位能表明它在避让过程中处于合理的位置，而另一方的车辆部位显示其存在不恰当的行驶从而导致了碰撞，那么后者可能承担更多的责任。
- 例子：如果摩托车C在避让时已经采取了合理的制动措施，而摩托车D因未保持安全距离而追尾C，那么D可能承担主要责任。
违规行为程度：如果双方都存在不同程度的违规行为，责任的判定将根据各自违规行为的严重程度以及与事故的关联紧密程度来进行综合考量。一般情况下，是按照比例来分担责任的。
- 例子：如果摩托车E超速行驶，而摩托车F未按规定让行，双方都对事故发生有过错，那么交警会综合判断双方过错对事故发生的作用大小，划分主次责任或同等责任。
三、后续处理与赔偿协商
- 责任认定书：交警部门会出具交通事故责任认定书，该认定书是后续民事赔偿及可能涉及的刑事处理的重要依据。
- 赔偿协商：如果双方对责任认定无异议，可以按照责任的比例协商赔偿事宜。如果协商无果，可以申请交通管理部门进行调解。
- 法律途径：如果调解仍然无法达成一致，那么双方可以选择通过法律途径解决争议，即向法院提起诉讼。
建议：在整个处理过程中，大家一定要保持冷静，依法解决问题。如果遇到复杂的法律问题或不确定如何处理时，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。