当案件已经履行但后续再审改判时，处理方式主要依据再审改判的具体结果以及相关法律法规来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、改判减轻或免除义务的情况
执行回转：
- 当再审改判减轻或免除原判决确定的义务时，执行回转是主要的处理方式。这意味着，取得财产的一方（通常是原判决的胜诉方）需要返还多收的财产及其孳息（如利息等）。
- 例如，若原判决要求被告支付10万元，但再审改判为只需支付5万元，那么原告就需要返还多收的5万元及其产生的利息。
强制执行：
- 如果取得财产的一方拒不返还，另一方可以向法院申请强制执行，要求其返还财产及孳息。
折价补偿：
- 在某些情况下，如果返还财产已不可能（如财产已被消耗或损坏），取得财产的一方可能需要进行折价补偿。
二、改判加重义务的情况
- 如果再审改判加重了原判决确定的义务，由于原执行已经结束，可以根据再审判决重新启动执行程序，要求义务人履行新增加的义务。
三、因原判决执行造成损害的情况
- 如果当事人因原判决的执行而遭受了损害，并且符合法定条件，可以依法申请国家赔偿。
四、法律依据与操作程序
法律依据：
- 主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及其相关司法解释。这些法律文件明确规定了执行完毕后，如果据以执行的判决、裁定或其他法律文书确有错误并被撤销，对已被执行的财产，人民法院应当作出裁定，责令取得财产的人返还；拒不返还的，强制执行。
操作程序：
- 通常由作出改判的法院出具相关法律文件，明确款项返还的事宜。
- 返还方式可以借助原执行机关，将钱款退还给被执行方。
- 涉及利息等问题时，需按照改判结果进行相应的计算和处理。
- 在返还过程中，可能需要办理相关的财务手续和程序，以确保款项的安全和准确返还。
五、特殊情况处理
- 如果被执行方在再审改判之前已经将款项合理使用到其他合法地方，可以与申请执行人协商解决的办法，如用其他财产来抵偿等。
综上所述，再审改判后已经履行的案件，其处理方式主要取决于再审改判的具体结果。无论是改判减轻或免除义务、改判加重义务，还是因原判决执行造成损害，都有相应的法律条款和操作程序来保障当事人的合法权益。