若司法鉴定结果已出，但一方对结果有异议并申请第二次鉴定，可按以下方式处理：

1. 明确申请主体与程序
   根据《司法鉴定程序通则》第三十一条，若一方对首次鉴定意见有异议，可在收到鉴定意见书后15日内向办案机关（如法院、公安机关）提出重新鉴定申请。申请时需提交书面异议材料，说明首次鉴定的程序违法、依据不足或结论错误等具体理由。

2. 审查申请的合法性
   办案机关需审查申请是否符合法定条件，例如：

   • 鉴定机构或鉴定人不具备资质；
     
   • 鉴定程序严重违法（如未按规定取样、未回避利害关系人）；
     
   • 鉴定意见明显依据不足或结论与其他证据矛盾。
     若申请理由不成立，办案机关可驳回申请，维持原鉴定效力。

3. 第二次鉴定的启动与规则

   • 机构选择：重新鉴定应委托原鉴定机构以外的其他司法鉴定机构进行，优先选择资质更高或技术更先进的机构。
     
   • 鉴定人回避：原鉴定人不得参与第二次鉴定，避免利益关联。
     
   • 证据效力：第二次鉴定意见若与首次矛盾，法院需结合全案证据综合判断，而非直接采信后鉴定。

4. 实务建议

   • 申请方：需在法定期限内提出申请，并准备充分证据（如鉴定程序违法记录、专家意见）支持异议。
     
   • 被申请方：可要求查阅对方申请材料，针对理由提出反驳意见（如首次鉴定程序合法、依据充分）。
     
   • 共同协商：若双方对鉴定机构有争议，可申请法院通过随机摇号方式指定机构，确保公平性。

若您是申请方，需重点准备异议材料；若您是被申请方，需及时回应并维护原鉴定合法性。具体操作可进一步结合案情细节分析。