农村土地确权户主身份证号被错写成重名人的，责任主要在于登记机构。以下是详细分析：

一. 责任主体的确定

根据《中华人民共和国民法典》第二百二十二条的规定：“因登记错误，造成他人损害的，登记机构应当承担赔偿责任。登记机构赔偿后，可以向造成登记错误的人追偿。” 在本案中，农村土地确权过程中，户主身份证号被错写成重名人的，这显然是登记机构在确权登记时的工作失误。因此，登记机构应当对此承担主要责任。

二. 具体责任分析

1. 登记机构的责任

   • 登记机构在办理农村土地确权时，应当仔细核对户主身份信息，确保登记信息的准确性。
   • 由于登记机构的工作失误，导致户主身份证号被错写成重名人的，登记机构应当承担相应的赔偿责任。
   • 如果登记机构在赔偿后，能够查明是具体工作人员因过失或故意导致登记错误的，可以向该工作人员追偿。

2. 权利人的责任

   • 在本案中，权利人（即户主）本身并没有提供虚假材料或故意导致登记错误的行为。
   • 因此，权利人不需要对此承担责任。但权利人应当及时发现并纠正登记错误，以保护自己的合法权益。

三. 更正登记的程序

如果发现土地经营权证书上登记的户主身份证号码错误，权利人可以通过以下程序申请更正登记：

1. 提交申请材料

   • 权利人应当持身份证到乡镇的农业农村管理部门申请更正。
   • 同时，可以提供村委会出具的证明材料，以证实登记错误的事实。

2. 审核与更正

   • 农业农村管理部门在收到申请后，应当仔细审核申请材料。
   • 如果确认登记错误属实，应当依职权对该登记事项予以纠正，并注销原权利证书。
   • 然后，重新颁发正确的土地经营权证书给权利人。

我的观点：在农村土地确权过程中，登记机构应当承担起确保登记信息准确性的责任。对于因工作失误导致的登记错误，登记机构应当承担相应的赔偿责任，并及时为权利人办理更正登记手续。权利人则应当及时发现并纠正登记错误，以保护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。