投标人串通投标时，投标保证金是否会被扣除，主要取决于招标文件的约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

一、法律法规的明确规定

根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十五条第二款、第七十四条的规定，招标人可以不退还投标保证金的情形主要包括以下几种：

1. 投标截止后投标人撤销投标文件；
2. 中标人无正当理由不与招标人订立合同；
3. 中标人在签订合同时向招标人提出附加条件；
4. 中标人不按照招标文件要求提交履约保证金。

值得注意的是，串通投标并不直接包含在上述法定不退还保证金的情形中。然而，该条例也赋予了招标人在招标文件中规定其他不退还保证金情形的权利。

二、招标文件的约定

除上述法定情形外，招标人可以在招标文件中规定，当投标人存在串通投标、以行贿评委或招标人工作人员、提供虚假材料谋取中标等违法行为时，招标人可以不退还投标保证金。如果招标文件中有这样的明确约定，并且投标人明知该约定仍进行投标，那么投标人串通投标时，其投标保证金很可能会被扣除。

三、串通投标的法律后果

串通投标不仅违反了招标投标的公平、公正原则，还可能构成违法行为。如果串通投标行为被查实，投标人不仅可能面临投标保证金被扣除的后果，还可能受到行政处罚，甚至承担刑事责任。例如，如果串通投标行为造成了严重的后果，如损害了国家利益或公共利益，那么串通者可能会因犯串通投标罪而被量刑。

四、建议与注意事项

1. 仔细阅读招标文件：投标人在参与投标前，应仔细阅读招标文件，了解其中关于投标保证金退还与扣除的约定。
2. 遵守法律法规：投标人应严格遵守招标投标的法律法规，避免参与任何形式的串通投标行为。
3. 及时咨询专业律师：如果投标人对招标文件或相关法律法规有疑问，应及时咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到保障。

综上所述，投标人串通投标时，其投标保证金是否会被扣除，主要取决于招标文件的约定以及相关法律法规的规定。如果招标文件中有明确约定，并且投标人明知该约定仍进行投标，那么其投标保证金很可能会被扣除。因此，投标人在参与投标前应仔细阅读招标文件，并严格遵守相关法律法规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。