签了两天的机构电子合同，如果合同内容合法且签署过程符合电子签名法的相关规定，那么该合同是有效的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 电子合同的法律效力

1. 合法合规性：根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子合同与纸质合同具有同等的法律效力，但前提是合同内容必须合法，且签署过程需符合电子签名法的相关规定。
2. 签署过程：电子合同的签署通常需要通过可靠的电子签名技术进行，以确保签署人的身份真实性和合同内容的完整性。如果签署过程符合这些要求，那么电子合同即被视为有效。

二. 合同有效期的考量

1. 合同期限：您提到的“签了两天的机构电子合同”，这里的“两天”可能指的是合同的有效期限或签署后的两天内。如果是合同的有效期限，那么只要在这两天内合同内容未被修改或终止，它仍然是有效的。
2. 合同终止与变更：如果合同中有关于终止或变更的条款，并且这些条款在签署时被双方接受，那么合同可以在这些条款约定的条件下被终止或变更。

三. 如何处理电子合同

1. 保存证据：建议您妥善保存电子合同的副本，以及签署过程中的相关证据，如电子签名的认证信息、签署时间记录等。这些证据在日后可能用于证明合同的合法性和有效性。
2. 履行合同：如果合同内容合法且有效，您应当按照合同的约定履行您的义务。如果遇到任何争议或问题，可以首先尝试与对方协商解决。

综上所述，签了两天的机构电子合同，在内容合法且签署过程符合规定的情况下，是有效的。您应当妥善保存合同副本，并按照合同约定履行义务。如遇争议，可首先尝试协商解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。