农用三轮车违法改装，一般情况下会被扣3分，并可能面临罚款等处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法》以及相关的地方性法规，车辆必须按照规定的结构和构造进行使用，不得擅自改变。农用三轮车作为机动车的一种，其改装行为同样受到法律的严格约束。特别是当改装涉及到车辆的动力系统、传动系统、制动系统等关键部件时，不仅可能影响车辆的安全性能，还可能对道路交通安全构成威胁。
二、违法改装的后果
扣分与罚款：
- 农用三轮车违法改装，一旦被交通管理部门查获，通常会面临扣分的处罚。根据相关规定，此类违法行为一般会被扣3分。
- 同时，车主还可能面临罚款的处罚，罚款金额根据地方性法规和具体违法情节而定，可能从几百元到数千元不等。
车辆被扣留：
- 在某些情况下，如果改装行为严重影响了车辆的安全性能或违反了其他相关规定，交通管理部门还有权扣留车辆，直至车主完成整改并符合相关要求。
法律责任：
- 如果因违法改装导致交通事故发生，车主还可能承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
三、建议与提醒
遵守法律法规：
- 车主应严格遵守相关法律法规，不得擅自对农用三轮车进行改装。如需对车辆进行任何改动，应事先向相关部门咨询并办理相关手续。
定期检查与维护：
- 车主应定期对农用三轮车进行检查和维护，确保车辆处于良好的技术状态。如发现车辆存在安全隐患或故障，应及时进行维修和更换部件。
增强安全意识：
- 车主应增强安全意识，了解并遵守交通规则。在行驶过程中，应注意观察路况和交通信号，确保行车安全。
如有任何关于农用三轮车违法改装或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。