违法自建房完工入住后，当事人若不配合调查，确实可能面临一系列法律后果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、行政责任角度

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，违法自建房属于未经规划许可擅自建设的行为。对于此类行为，城乡规划主管部门有权责令停止建设、限期改正，并处以罚款。若当事人不配合调查，可能会加重处罚力度，如提高罚款金额或采取更严厉的强制措施。

2. 强制拆除：

   • 若违法自建房严重影响城乡规划，且当事人拒不改正或无法改正的，城乡规划主管部门有权作出强制拆除的决定。在此过程中，若当事人不配合调查或阻碍执行，可能会面临更严重的法律后果，包括被强制执行拆除并承担相关费用。

二、刑事责任角度

1. 妨害公务罪：

   • 若当事人在调查过程中采取暴力、威胁等方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务，可能构成妨害公务罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，妨害公务罪可处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。

2. 其他相关犯罪：

   • 若违法自建房涉及其他犯罪行为，如非法占用农用地、非法转让土地使用权等，且当事人不配合调查，可能会因涉嫌相关犯罪而面临刑事追究。

三、民事责任角度

1. 相邻权纠纷：

   • 违法自建房可能侵犯相邻方的合法权益，如通风、采光、排水等。若因此引发相邻权纠纷，且当事人不配合调查或解决纠纷，可能会被相邻方提起民事诉讼，要求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失等。

2. 合同无效与赔偿：

   • 若违法自建房涉及合同关系，如建设工程施工合同等，且因违法建设导致合同无效的，当事人可能需承担合同无效的法律后果，包括返还财产、折价补偿或赔偿损失等。若当事人不配合调查或解决合同纠纷，可能会加重其民事责任。

四、建议与措施

1. 积极配合调查：

   • 当事人应认识到违法自建房的严重性，并积极配合相关部门的调查工作。通过配合调查，可以争取从轻或减轻处罚的机会，并尽快解决违法建设问题。

2. 主动整改与补办手续：

   • 若违法自建房尚可整改或补办相关手续的，当事人应主动采取措施进行整改或补办手续。通过整改或补办手续，可以使违法建设变为合法建设，从而避免更严重的法律后果。

3. 寻求法律帮助：

   • 若当事人对违法自建房的法律后果或处理方式存在疑问的，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以为当事人提供法律咨询、代理诉讼或协助谈判等服务，帮助当事人更好地应对违法建设问题。

综上所述，违法自建房完工入住后，当事人若不配合调查，可能面临行政责任、刑事责任以及民事责任等多方面的法律后果。因此，我建议当事人积极配合调查工作，并主动采取措施进行整改或补办相关手续，以避免更严重的法律后果。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。