针对您提出的“案件作废的卷宗如何处理”这一问题，我将结合相关行政执法案卷管理制度，为您提供一个清晰、详细且具有深度的解答。
首先，需要明确的是，案件作废的卷宗并不意味着可以随意处置。这些卷宗作为行政执法过程中的历史记录，仍然具有一定的保存价值和管理要求。具体来说，处理作废的案件卷宗应遵循以下步骤和原则：
一、鉴定与分类
鉴定：由行政执法部门负责人、案件办理机构负责人、案卷管理人员等组成案卷鉴定小组，对作废的案件卷宗进行鉴定。鉴定过程中，需评估卷宗的保存价值，确定其是否应继续保存或进行销毁。
分类：根据鉴定结果，将作废的案件卷宗分为两类：一类是仍有保存价值的，应延长保管期限继续保存；另一类是无保存价值的，则进入销毁程序。
二、保管与继续保存
对于经鉴定仍有保存价值的作废案件卷宗，应按照档案管理规定进行妥善保管。这包括：
配置安全保管条件：确保库房和装具符合安全保管要求，对于声像等特殊载体案卷资料，还需配置专用设备。
不得修改或私自增减：已归档的行政执法案卷，包括作废的卷宗，不得修改案卷内容，不得私自增加或抽取案卷文件材料。如需增加，应征得行政执法部门负责人书面同意，并按立卷归档规定办理。
三、销毁程序
对于经鉴定无保存价值的作废案件卷宗，应按照以下程序进行销毁：
制作销毁清册：详细列出拟销毁的卷宗名称、卷号、保管期限等信息。
提出销毁报告：由案卷管理人员或相关机构提出销毁报告，说明销毁理由和依据。
审批与销毁：销毁报告需经行政执法部门主要负责人批准后，方可进行销毁。销毁过程中，应由本机关档案管理机构和案件办理机构共同派人监销，确保销毁过程的安全和合规。
四、注意事项
保密要求：在处理作废案件卷宗的过程中，必须严格遵守保密制度，保守国家机密和当事人的商业秘密。
合规性：整个处理过程应符合相关法律法规和档案管理规定的要求，确保处理的合法性和合规性。
综上所述，处理作废的案件卷宗需要遵循严格的鉴定、分类、保管和销毁程序。这些程序旨在确保卷宗的妥善管理和合规处置，同时保护国家机密和当事人的合法权益。希望这一解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告知。