针对您提出的“破产清算中股权经拍卖流拍，债权人不同意股权抵债怎么办”的问题，这是一个涉及司法拍卖和破产清算程序中的复杂法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、司法拍卖流拍后的常规处理流程
首次流拍：
- 当股权首次拍卖流拍，且债权人不接受以物抵债时，法院可以在六十天内降价后再次进行拍卖。
第二次流拍：
- 如果第二次拍卖仍然流拍，且债权人依旧不接受以物抵债，法院会在六十天内进行第三次拍卖。
第三次流拍：
- 第三次拍卖流拍后，如果债权人仍然拒绝以物抵债，法院需要在拍卖终结之日起七日内发出变卖公告。
变卖公告期满无买家：
- 如果自变卖公告之日起六十日内没有买受人愿意以第三次拍卖的保留价买受该财产，且债权人仍不表示接受该财产抵债的，法院应解除查封、冻结，将该财产退还被执行人。但这里有一个例外，即如果法院认为可以采取其他执行措施的，则不受此限。
二、债权人不同意股权抵债的特殊处理
重新评估与拍卖：
- 根据最高人民法院的相关司法解释，如果股权经两次网络司法拍卖均流拍，且变卖仍未成交，同时申请执行人（债权人）拒绝接受抵债，法院可以根据市场的具体情况，在不存在过分拖延程序、损害被执行人合法权益的前提下，及时重新启动评估、拍卖程序。这是为了实现股权的公平变价。
其他执行措施：
- 除了重新评估与拍卖外，法院还可以考虑采取其他执行措施，如查封、扣押被执行人的其他财产，或者对被执行人采取限制高消费、列入失信被执行人名单等措施，以促使被执行人履行债务。
三、实际操作中的建议
与债权人沟通：
- 在破产清算过程中，管理人应积极与债权人沟通，了解其不同意股权抵债的具体原因，并尝试协商达成其他解决方案。
关注市场动态：
- 管理人应密切关注市场动态，了解股权的市场价值变化，以便在重新评估与拍卖时能够制定合理的拍卖策略。
遵循法律程序：
- 在整个过程中，管理人应严格遵循法律程序，确保每一步操作都合法合规，避免因程序瑕疵而引发不必要的法律纠纷。
综上所述，当破产清算中的股权经拍卖流拍且债权人不同意股权抵债时，法院可以根据市场情况重新启动评估、拍卖程序，或者采取其他执行措施。管理人应积极与债权人沟通，并遵循法律程序，以确保破产清算工作的顺利进行。