交通事故中司机垫付的款项和第三者伤亡赔偿款通常不会一起打卡，而是会分别处理。以下是对这一问题的详细分析：

一、司机垫付款项的性质与处理

1. 性质：司机在交通事故后垫付的款项，通常是为了及时救治伤者或处理事故现场而预先支付的费用。这些费用可能包括医疗费、丧葬费、车辆维修费等。

2. 处理方式：司机垫付的款项一般会在后续的事故责任认定和赔偿过程中进行结算。如果司机被认定有责任，那么其垫付的款项可能会从最终的赔偿款中扣除；如果司机无责任，那么其垫付的款项应当由责任方承担。

二、第三者伤亡赔偿款的性质与处理

1. 性质：第三者伤亡赔偿款是指因交通事故导致第三方人员伤亡时，由责任方（通常是保险公司或肇事司机）向受害者或其家属支付的赔偿费用。这些费用包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等。

2. 处理方式：第三者伤亡赔偿款的处理通常遵循以下流程：

   • 事故责任认定：由交警部门或相关机构对事故责任进行认定。
   • 赔偿协商或诉讼：根据责任认定结果，责任方与受害者或其家属进行赔偿协商；如果协商不成，受害者或其家属可以向法院提起诉讼。
   • 赔偿款支付：在协商或诉讼达成一致后，责任方（或保险公司）会按照约定的金额和方式向受害者或其家属支付赔偿款。

三、为何不会一起打卡

1. 资金来源不同：司机垫付的款项可能来自司机个人，而第三者伤亡赔偿款通常由保险公司或责任方承担。

2. 处理流程不同：司机垫付的款项处理相对简单，主要涉及与责任方的结算；而第三者伤亡赔偿款的处理则涉及事故责任认定、赔偿协商或诉讼等多个环节。

3. 避免混淆：将司机垫付的款项和第三者伤亡赔偿款分开处理，可以避免资金混淆和后续纠纷。

四、建议

1. 保留相关证据：司机在垫付款项时，应保留好相关票据和凭证，以便在后续的事故责任认定和赔偿过程中进行结算。

2. 及时沟通：司机和受害者或其家属在事故发生后应及时沟通，了解彼此的需求和意愿，以便更好地处理事故和赔偿事宜。

3. 寻求专业帮助：如果事故处理过程中遇到复杂问题或纠纷，建议寻求专业律师或相关机构的帮助。

如有任何关于交通事故赔偿的法律问题，可以直接向我咨询。