核心结论：赃款被被告人委托投资基金亏损后，需根据赃款性质、投资行为合法性及法律程序综合处理，具体分以下情况：

1. 赃款性质与追缴原则

根据《刑法》第六十四条及《刑事诉讼法》相关规定，违法所得（赃款）应依法追缴，退赔被害人。若赃款被用于投资基金且亏损，需明确以下两点：

• 赃款追缴的优先性：无论投资是否盈利或亏损，赃款本身属于违法所得，司法机关有权追缴其等值财产（如基金份额、现金等）。
• 亏损不影响追缴义务：被告人不能以“投资亏损”为由免除退赔责任。若赃款已全部亏损，被告人仍需以其他合法财产退赔被害人损失。

2. 投资行为的合法性认定

需区分合法投资与掩饰、隐瞒犯罪所得：

• 合法投资情形：若被告人将赃款委托给合法基金管理人投资，且基金运作符合《证券投资基金法》等规定，虽赃款来源违法，但投资行为本身可能被认定为“赃款处置方式”，不影响追缴程序。
• 非法投资情形：若被告人通过虚构投资项目、伪造基金合同等方式转移赃款，可能构成《刑法》第三百一十二条规定的“掩饰、隐瞒犯罪所得罪”，需承担刑事责任，同时赃款仍需追缴。

3. 被害人权利救济路径

被害人可通过以下方式主张权利：

• 刑事附带民事诉讼：在刑事案件审理中，被害人可提起附带民事诉讼，要求被告人退赔因赃款投资亏损导致的实际损失。
• 单独民事诉讼：若刑事案件未涉及退赔，被害人可单独提起民事诉讼，要求被告人返还赃款或赔偿损失。
• 执行程序参与：在刑事判决生效后，被害人可申请参与执行程序，要求对被告人名下财产（包括基金份额变现所得）进行分配。

4. 基金管理人的责任边界

基金管理人是否需承担责任，需结合其主观明知程度判断：

• 不知情情形：若基金管理人不知资金来源违法，且已履行反洗钱等合规义务，一般不承担法律责任。
• 明知或应知情形：若基金管理人明知资金为赃款仍接受委托，可能构成共犯或需承担行政处罚（如《反洗钱法》第三十二条规定的罚款、停业整顿等）。

5. 实务建议

• 对被害人：及时向司法机关提供赃款流向证据（如基金合同、转账记录），申请财产保全，确保退赔执行。
• 对被告人：若赃款已亏损，应主动退赔其他财产以减轻刑事责任；若投资行为涉嫌其他犯罪，需配合调查争取从宽处理。
• 对基金管理人：立即核查资金来源，若发现可疑应暂停操作并报告监管部门，避免涉嫌共犯。

总结：赃款投资基金亏损不影响追缴义务，被害人可通过刑事或民事程序主张权利，被告人需以其他财产退赔，基金管理人需根据主观明知程度承担相应责任。具体操作需结合案件细节，如有疑问可直接向我咨询。