侵犯注册商标专用权的处罚依据主要来源于《中华人民共和国商标法》及相关司法解释，而自由裁量则体现在行政机关和司法机关在具体案件中的处理上。以下是对这一问题的详细分析：
一、处罚依据
民事责任：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条，侵犯注册商标专用权的行为人应承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、赔偿损失等民事责任。赔偿数额通常按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
行政责任：
- 同样根据《中华人民共和国商标法》第六十条，市场监督管理部门有权责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。
刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十三条，未经注册商标所有人许可，在同一种商品、服务上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，构成假冒注册商标罪。除赔偿被侵权人的损失外，应依法追究刑事责任。情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
二、自由裁量
行政机关的自由裁量：
- 在行政处罚中，市场监督管理部门会根据侵权行为的性质、情节、后果等因素，在法律规定的范围内进行自由裁量。例如，对于违法经营额的计算、罚款数额的确定等，行政机关都有一定的裁量权。这种自由裁量旨在确保处罚的公正性和合理性，同时考虑侵权行为的实际情况和后果。
司法机关的自由裁量：
- 在刑事处罚中，司法机关也会根据案件的具体情况进行自由裁量。例如，对于犯罪情节的认定、刑罚的适用等，司法机关会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及犯罪人的主观恶性等因素。这种自由裁量旨在确保刑罚的公正性和有效性，同时体现法律的灵活性和适应性。
三、具体案例与考量因素
- 具体案例：在实际操作中，每个侵犯注册商标专用权的案件都有其独特性。例如，有的案件可能涉及多个侵权行为、多个侵权商品或服务；有的案件可能涉及复杂的法律关系和证据认定。因此，行政机关和司法机关在处理这些案件时，需要综合考虑各种因素，进行自由裁量。
- 考量因素：在自由裁量过程中，行政机关和司法机关通常会考虑以下因素：侵权行为的性质、情节和后果；侵权人的主观恶性和过错程度；被侵权商标的知名度和市场价值；侵权行为对市场竞争和消费者权益的影响等。这些因素都会影响处罚的轻重和刑罚的适用。
侵犯注册商标专用权的处罚依据明确且严格，而自由裁量则体现在行政机关和司法机关在具体案件中的处理上。作为专业律师，我建议您在遇到相关问题时，及时咨询并配合相关部门的调查和处理工作，以维护自身的合法权益并避免不必要的法律风险。如果您有任何关于商标权保护的法律问题，欢迎直接向我咨询。