时隔两年被告提交补充证据，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 诉讼时效与证据提交期限：

   • 首先，要明确的是，诉讼时效是法律规定的一段时间，用于限制权利人行使权利的时间。在合同纠纷中，如果超过了诉讼时效期间，权利人可能会丧失胜诉权。但诉讼时效与证据提交期限是两个不同的概念。
   • 证据提交期限通常是在诉讼过程中，由法院根据案件情况指定的。如果被告在指定的证据提交期限内未提交证据，但在之后（如两年后）提交，这并不意味着证据自动无效。法院会根据案件的具体情况，包括证据的重要性、对案件结果的影响等，来决定是否采纳该证据。

2. 证据的关联性与合法性：

   • 无论证据是在何时提交的，其有效性首先取决于证据的关联性和合法性。如果补充证据与案件事实紧密相关，且收集、提交过程合法，那么该证据有可能被法院采纳。
   • 反之，如果证据与案件无关，或者收集、提交过程存在违法情形（如侵犯他人隐私、违反法定程序等），那么即使是在诉讼时效内提交，也可能被法院排除。

3. 法院的自由裁量权：

   • 在处理补充证据的问题上，法院拥有一定的自由裁量权。法院会根据案件的具体情况，包括双方当事人的陈述、其他证据的情况等，来综合判断是否采纳补充证据。
   • 如果法院认为补充证据对于查明案件事实、公正裁决具有重要作用，且没有违反法律规定的情形，那么法院可能会采纳该证据。

4. 对原告的影响与应对策略：

   • 对于原告而言，被告时隔两年提交补充证据可能会带来一定的不确定性。原告需要仔细审查补充证据的内容，评估其对案件结果的影响。
   • 如果原告认为补充证据不合法或无关紧要，可以在法庭上提出异议，要求法院排除该证据。同时，原告也可以积极准备自己的证据，以应对可能出现的各种情况。

建议：

• 如果您是案件的当事人，面对被告时隔两年提交的补充证据，建议您首先保持冷静，仔细审查证据的内容。
• 如果您认为证据存在问题，可以在法庭上及时提出异议，并说明理由。
• 同时，积极与您的律师沟通，制定合适的应对策略，以维护您的合法权益。

在处理合同纠纷时，证据的提交和采纳是一个复杂而重要的问题。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。