股权证每股1元转让为2元，在符合法律法规及公司章程规定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律层面的合法性

1. 股权转让价格的自主性：

   • 股权转让价格通常由转让方和受让方协商确定，法律并未对股权的最低或最高转让价格作出强制性规定。因此，从法律层面讲，股权证每股1元转让为2元，只要双方达成一致，且不存在欺诈、胁迫等违法情形，就是合法的。

2. 税务合规性：

   • 税务机关可能会关注股权转让价格是否合理，特别是当转让价格与市场价格存在显著差异时。如果税务部门认为价格偏低或偏高，可能会要求转让方提供合理解释或进行税务调整。但在此案例中，从1元到2元的转让价格，若能合理解释其商业逻辑（如公司价值提升、股东间特殊约定等），通常不会引发税务问题。

二、实际操作中的注意事项

1. 公司章程的规定：

   • 如果公司章程对股权转让有特别规定，如转让价格需经过特定程序审批、需满足特定条件等，那么必须遵循这些规定进行转让。否则，即使双方达成一致，也可能因违反公司章程而无效。

2. 其他股东的权益：

   • 在有限责任公司中，股权转让可能影响其他股东的权益。根据《公司法》规定，其他股东在同等条件下享有优先购买权。因此，在进行股权转让时，应确保其他股东的优先购买权得到保障，避免引发股东间纠纷。

3. 避免非法目的：

   • 股权转让不得为了逃避债务、损害其他股东利益或公司债权人利益等非法目的。如果股权转让被认定为恶意逃避债务或损害他人利益，债权人有权通过法律途径维护自身权益，包括请求法院撤销转让行为。

三、建议与风险提示

1. 谨慎确定转让价格：

   • 转让双方应充分了解市场情况、公司价值等因素，谨慎确定转让价格。避免因价格不合理而引发税务问题或股东间纠纷。

2. 遵循公司章程和法律法规：

   • 在进行股权转让时，应确保遵循公司章程的规定和法律法规的要求。如有必要，可咨询专业律师的意见，以降低潜在的法律风险。

3. 保障其他股东的权益：

   • 在转让过程中，应确保其他股东的优先购买权得到保障。可通过书面通知、召开股东会等方式进行告知和协商。

总结来看，股权证每股1元转让为2元，在符合法律法规及公司章程规定、不存在欺诈胁迫等违法情形、且能合理解释其商业逻辑的情况下，是合法的。但为确保转让的合法性和有效性，避免可能引发的法律纠纷和税务问题，建议在进行股权转让时谨慎处理，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。