核心结论：若想申请取消对附有违法建筑的认定，一般需通过提出异议、申请行政复议或提起行政诉讼等途径，具体操作需结合实际情况，以下为你详细阐述。

提出异议

• 适用场景：当认为对违法建筑的认定存在事实错误或程序违法时，可先向作出认定的行政机关提出异议。比如，行政机关认定某建筑为违法建筑，但你持有合法的规划许可等文件，只是因某些原因未及时提供给行政机关，导致其误认。
• 操作方式：以书面形式向作出认定的行政机关提交异议申请，详细说明认为认定错误的理由，并附上相关证据材料，如规划许可证、土地使用证等。行政机关在收到异议申请后，会进行调查核实。
• 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在作出行政处罚等认定前，应当保障当事人的陈述和申辩权利。提出异议是当事人行使这一权利的方式之一。

申请行政复议

• 适用场景：如果对行政机关作出的违法建筑认定不服，且认为该认定侵犯了自己的合法权益，在知道该认定之日起六十日内，可以向上一级行政机关或者法律、法规规定的行政机关申请行政复议。例如，区城管部门认定你的建筑为违法建筑，你认为该认定不合理，可以向市城管部门申请行政复议。
• 操作方式：准备行政复议申请书，写明申请人、被申请人的基本信息，复议请求（如请求撤销违法建筑认定），事实与理由（阐述认为认定错误的具体情况），并附上相关证据材料。将申请书及相关材料提交给有管辖权的行政复议机关。
• 法律依据：《中华人民共和国行政复议法》规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。

提起行政诉讼

• 适用场景：如果对行政复议结果不满意，或者在法定期限内未申请行政复议，在知道作出行政行为之日起六个月内，可以向人民法院提起行政诉讼。比如，行政复议机关维持了原违法建筑认定，你认为该结果不公正，就可以向法院起诉。
• 操作方式：撰写行政起诉状，明确原告、被告的基本信息，诉讼请求（如请求法院撤销违法建筑认定），事实与理由（说明行政机关认定违法的依据不足等情况），并附上相关证据。将起诉状及相关材料提交给有管辖权的人民法院。
• 法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。

在申请取消违法建筑认定的过程中，要注意保留好相关证据，按照法定程序和期限进行操作。如果你在处理这类问题时遇到困难或有其他疑问，可以直接向我咨询。