结论：甲方公司使用电子章、乙方公司使用实体章在合同上盖章，这种盖章方式本身并不直接决定合同的合法性，关键在于电子章的使用是否符合法律规定以及双方是否达成真实合意。
一、电子章的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。这意味着，如果甲方公司使用的电子章符合电子签名法的要求，即能够可靠地识别签名人身份、表明签名人认可内容，并且签署后任何改动都能被发现，那么该电子章在法律上是有效的。
实践应用：
- 在实际操作中，许多企业已经开始使用电子章进行合同签署，以提高效率和便捷性。只要电子章的使用符合法律规定，并且双方当事人都认可这种签署方式，那么使用电子章签署的合同就是合法的。
二、实体章的合法性
传统方式：
- 实体章作为传统的合同签署方式，其法律效力在法律上一直得到认可。乙方公司使用实体章签署合同，只要该章是真实有效的，并且签署行为是乙方公司的真实意思表示，那么该合同就是合法的。
注意事项：
- 需要注意的是，实体章的使用应当遵循公司章程和相关规定，确保盖章行为的合法性和有效性。例如，公司应当有明确的用章管理制度，防止章被滥用或盗用。
三、双方盖章方式的结合
合同效力：
- 当甲方公司使用电子章、乙方公司使用实体章在合同上盖章时，合同的效力并不取决于盖章方式的不同，而是取决于双方是否达成真实合意以及合同内容是否合法。只要双方意思表示真实、合同内容合法，并且电子章的使用符合法律规定，那么该合同就是有效的。
风险防控：
- 为了降低风险，双方在签署合同时可以采取一些措施。例如，甲方公司可以确保电子章的安全性，防止被篡改或盗用；乙方公司可以核实甲方公司的电子章是否真实有效，以及签署行为是否得到甲方公司的授权。此外，双方还可以在合同中明确约定盖章方式的有效性和法律后果，以避免后续争议。
四、特殊情况下的考虑
行业规定：
- 某些行业或领域可能对合同签署方式有特殊规定。例如，一些金融或政府机构可能要求必须使用实体章进行签署。在这种情况下，双方应当遵循相关规定，确保合同签署的合法性。
国际合同：
- 如果合同涉及国际交易，双方还需要考虑国际法律和国际惯例的适用。不同国家对电子签名的认可程度可能不同，因此双方在签署国际合同时应当谨慎选择签署方式，并确保符合相关法律要求。
建议：在实际操作中，为了确保合同的合法性和有效性，双方最好在签署合同前咨询专业律师或法律顾问的意见。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。