公司已注销的情况下，合同专用章丢失的风险确实存在，但具体风险大小需结合实际情况分析。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律责任风险
公司注销后的法律地位：
- 公司一旦注销，其法人资格即告终止，原则上不再承担民事责任。然而，若合同专用章在公司注销后被他人非法使用，可能引发一系列法律问题。
印章被冒用的法律责任：
- 如果合同专用章在公司注销后被他人冒用，并签订了合同或进行了其他法律行为，虽然公司已注销，但原公司股东或相关责任人可能因印章管理不善而承担一定的法律责任。这种责任可能包括因合同无效或违约而产生的赔偿责任。
刑事责任风险：
- 在极端情况下，如果印章被用于诈骗等犯罪活动，原公司相关责任人可能因涉嫌帮助伪造证据、诈骗等罪名而面临刑事责任。
二、实际操作风险
印章回收与销毁：
- 在公司注销过程中，应确保所有印章（包括合同专用章）被妥善回收并销毁。如果印章未被正确处理，就存在丢失或被滥用的风险。
公告与通知义务：
- 公司注销后，应通过适当方式（如公告）通知相关方公司已注销的事实，并声明原印章不再具有法律效力。这有助于减少印章被滥用的风险。
后续管理：
- 即使公司已注销，原公司股东或相关责任人仍应关注印章的后续管理情况，确保印章不会被非法获取或使用。
三、风险降低建议
完善注销程序：
- 在公司注销过程中，确保所有印章被妥善回收、销毁，并留存相关记录。同时，按照法律规定完成所有注销手续，包括公告、清算等。
加强印章管理：
- 在公司运营期间，应建立完善的印章管理制度，明确印章的使用、保管、回收等流程。这有助于减少印章丢失或被滥用的风险。
及时应对风险：
- 如果发现印章丢失或被滥用，应立即采取措施，如报警、公告声明印章无效等，以降低潜在的法律责任风险。
总结来看，公司已注销后合同专用章丢失的风险不容忽视。虽然公司注销后法人资格终止，但原公司股东或相关责任人仍可能因印章管理不善而承担一定的法律责任。因此，建议在公司注销过程中确保印章的妥善处理，并在注销后持续关注印章的后续管理情况。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。