盖合同章的文件丢失确实存在风险，可能给公司带来一系列的法律问题和业务隐患。
详细分析如下：
合同效力与履行风险：
- 盖有合同章的文件是公司与他人签订合同的正式凭证。若该文件丢失，一旦对方当事人以合同为依据要求公司履行合同义务或承担违约责任时，公司可能因无法提供合同原件而陷入被动地位。根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，合同自当事人均签名、盖章时成立。丢失盖章文件可能影响合同的证明，进而对公司的合法权益造成不利影响。
证据缺失风险：
- 在合同纠纷或诉讼中，盖有合同章的文件是重要的证据材料。若该文件丢失，公司将面临证据缺失的困境，难以证明合同的具体内容、双方的权利义务以及合同的履行情况等。这可能导致公司在诉讼中承担不利后果。
商业机密泄露风险：
- 盖有合同章的文件中可能包含公司的商业机密或敏感信息。若该文件被不法分子获取，公司的商业机密可能面临泄露的风险，进而对公司的市场竞争力和业务安全构成威胁。
信誉受损风险：
- 若因盖章文件丢失而导致公司无法履行合同或证明合同内容，公司的商业信誉可能受到损害。这将影响公司在市场上的形象和声誉，进而影响公司的业务拓展和合作关系。
鉴于上述风险，我建议公司在发现盖有合同章的文件丢失后，应立即采取以下措施：
- 及时报警并备案：向当地公安机关报案，说明文件丢失的情况，并请求警方协助寻找或出具相关证明文件。
- 通知相关方：及时告知与文件有关的合作伙伴、客户或对方当事人文件丢失的情况，并协商解决方案。
- 加强内部管理：对文件的保管和使用进行全面检查和整改，建立健全文件管理制度，确保类似事件不再发生。
- 准备替代证据：如可能，尝试收集其他证据来证明合同的内容、双方的权利义务以及合同的履行情况等，以备不时之需。
综上所述，盖有合同章的文件丢失确实存在风险，公司应高度重视并采取切实有效的措施加以防范和应对。如有进一步需要，您可以继续咨询我。