核心结论：对方车辆全责时，保险公司实际赔付金额（5900元）高于最初告知金额（5000元），可能涉及以下原因，需结合具体理赔环节分析。
1. 理赔项目增加或调整
最初预估的5000元可能仅覆盖了部分损失（如车辆维修费），但实际理赔时增加了其他项目，例如：
- 施救费：事故现场拖车、吊装等费用；
- 医疗费：若事故中有人受伤，可能包含急诊、药品等费用；
- 误工费/护理费：伤者因事故产生的收入损失或护理支出；
- 财产损失：如手机、眼镜等随身物品损坏的赔偿。
法律依据：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及商业险条款，保险公司需对实际产生的合理费用进行赔付，超出预估部分若符合条款，应予以补足。
2. 维修费用超出预估
车辆维修时可能发现隐藏损伤（如底盘、内部零件），导致实际维修费高于最初报价。例如：
- 预估仅包含外观钣金喷漆（5000元），但拆解后发现大梁变形，需额外修复；
- 维修厂报价调整（如配件涨价、工时费增加）。
处理方式：保险公司会重新核损，若维修费合理且必要，最终赔付金额会相应提高。
3. 保险条款中的“无责代赔”或“交强险优先”
若对方车辆仅投保交强险（最高赔付20万元），而商业险未覆盖全部损失，可能存在以下情况：
- 交强险财产损失限额（2000元）已赔付，剩余部分由商业险补充；
- 对方保险公司通过“无责代赔”机制，从己方保险公司获得部分赔付，导致总金额增加。
注意：此情况需结合双方保险合同具体条款分析。
4. 协商或调解结果
若事故涉及多方争议（如对责任认定、损失金额有异议），可能通过交警调解或法院判决确定最终赔付金额。例如：
- 调解时对方同意承担额外费用（如折旧费、精神损害抚慰金）；
- 法院判决支持了超出保险限额的部分（需对方个人承担）。
提示：此类情况需保留调解协议或判决书作为依据。
5. 保险公司内部调整
少数情况下，保险公司可能因系统误差、核损疏漏或优惠活动（如减少免赔额）调整赔付金额。例如：
- 最初按90%比例赔付（5000元），后经复核改为100%赔付（5900元）；
- 投保了“不计免赔险”，免赔部分被豁免。
建议行动
- 核对理赔清单：要求保险公司提供详细的赔付明细，确认每项费用的依据；
- 确认责任认定：检查事故责任书是否明确对方全责，避免责任划分争议；
- 保留证据：保存维修发票、医疗单据、调解协议等材料，以备后续核查。
若对赔付金额仍有疑问，可直接向我提供理赔明细，我将进一步分析具体条款和计算逻辑。