在货物买卖合同纠纷（尤其是涉及政府采购的情境）中，供应商的质疑一般由采购人负责答复；若采购人委托了采购代理机构进行采购，则采购代理机构在委托授权范围内作出答复。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与责任主体
法律依据：
- 根据《政府采购质疑和投诉办法》第五条的规定，政府采购质疑应由采购人负责答复。这一规定明确了在政府采购活动中，供应商提出质疑时，采购人的答复责任。
责任主体：
- 采购人：作为政府采购活动的主体，采购人直接承担答复供应商质疑的责任。这要求采购人具备专业的法律知识和采购经验，以便准确、及时地回应供应商的质疑。
- 采购代理机构：若采购人委托了采购代理机构进行采购，则采购代理机构在委托授权范围内作出答复。但答复内容需经采购人书面确认，以确保答复的准确性和权威性。
二、答复程序与要求
答复程序：
- 采购人或采购代理机构在收到供应商的质疑函后，应严格按照《政府采购质疑和投诉办法》的相关规定进行受理。
- 对质疑环节、时间、事项逐条核对，确保质疑的接收和处理过程规范、透明。
答复要求：
- 答复内容应证据充分、内容全面、意见明确，不得出现含糊不清、模棱两可、敷衍了事的情况。
- 答复应以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商，确保信息的准确传递和记录。
三、特殊情况与处理
不需论证的质疑：
- 对于不需经过论证即可作出判断的质疑，采购人或采购代理机构应在3个工作日内作出答复，以提高质疑处理效率。
涉及商业秘密的答复：
- 在答复过程中，若涉及商业秘密、个人隐私及其他按规定不宜公开的内容，应将相应部分删减后再进行公开，以保护相关方的合法权益。
四、法律后果与责任
未按时答复的法律后果：
- 若采购人或采购代理机构未在规定时间内作出答复，可能面临供应商的投诉或法律诉讼，进而承担相应的法律责任。
答复内容不实的法律责任：
- 若答复内容不实或存在误导性信息，采购人或采购代理机构可能因侵犯供应商的合法权益而承担赔偿责任。
五、实际建议
- 加强内部管理：采购人或采购代理机构应加强内部分工管理，明确专人负责质疑答复工作，确保答复的及时性和准确性。
- 建立调解机制：可以参照相关通知要求，建立质疑答复调解机制，通过沟通协调、质证调解等方式，力争将问题化解在前端，提高质疑处理效率。
- 妥善保管档案：质疑答复档案应妥善保管，以备后续查阅和审计需要。
在实际操作中，若遇到复杂的货物买卖合同纠纷或政府采购质疑问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。