林地边界协议的效力主要由司法机关或行政机关在相关程序中确认。以下是对这一问题的详细分析：

一、林地边界协议效力的确认主体

1. 司法机关：在涉及林地边界纠纷的诉讼中，法院作为司法机关，有权对林地边界协议的效力进行审查和确认。法院会根据相关法律法规、协议内容以及双方当事人的证据，判断协议是否合法有效。
2. 行政机关：在某些情况下，行政机关（如林业主管部门）也可能对林地边界协议的效力进行确认。这通常发生在行政许可、行政确认等行政程序中，行政机关会依据相关法律法规和政策，对协议进行审查并作出决定。

二、林地边界协议效力的确认条件

1. 协议内容合法：林地边界协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议不得侵犯他人的合法权益，不得违反土地管理、林业管理等相关法律法规。
2. 双方意思表示真实：协议双方当事人在签订协议时，必须意思表示真实、自愿，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议生效的前提和基础。
3. 协议形式规范：虽然法律对林地边界协议的形式没有严格要求，但通常应当采用书面形式，并明确记载林地边界、双方权利义务等内容。这有助于确保协议的明确性和可执行性。

三、林地边界协议效力确认的后果

1. 约束双方当事人：一旦林地边界协议被确认有效，它将对双方当事人产生法律上的约束力。双方应当按照协议约定履行各自的义务，不得擅自变更或解除协议。
2. 作为证据使用：在涉及林地边界纠纷的诉讼或行政程序中，有效的林地边界协议可以作为证据使用，证明双方当事人的权利义务关系及争议解决过程。这有助于法院或行政机关了解案件事实情况，提高审判或行政效率。
3. 可执行性：如果一方不履行有效的林地边界协议，另一方有权向法院提起诉讼或向行政机关申请强制执行，要求对方履行协议或承担违约责任。

四、特殊情况下的效力确认

1. 协议存在瑕疵：如果林地边界协议存在瑕疵，如内容违法、意思表示不真实等，那么该协议可能无效或处于效力待定状态。在这种情况下，需要由司法机关或行政机关根据具体情况进行审查和确认。
2. 涉及第三方权益：如果林地边界协议涉及第三方权益，如相邻权人的权益，那么该协议的效力可能需要得到第三方的认可或同意。否则，协议可能因侵犯第三方权益而无效。

建议：在签订林地边界协议时，双方应当充分了解相关法律法规和政策，确保协议内容合法、意思表示真实、形式规范。同时，双方也可以考虑在协议中约定争议解决方式，如仲裁或诉讼等，以便在发生纠纷时能够及时、有效地解决。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。