结论：有寻衅滋事案底且持有助理医师资格证的情况下，不注册资格证本身并不直接违反法律规定，但可能影响您未来从事医疗相关工作的资格和职业发展，同时需考虑案底对特定职业岗位申请的影响。
一、关于助理医师资格证的注册问题
注册的必要性：
- 助理医师资格证的注册是从事医疗工作的前提。根据《中华人民共和国执业医师法》及相关规定，未注册的医师不得从事医疗活动。因此，如果您计划从事医疗工作，注册是必要的。
不注册的法律后果：
- 如果您选择不注册助理医师资格证，并不会直接违反法律，但您将无法合法从事医疗工作。这意味着，即使您持有资格证，也无法在医院、诊所等医疗机构执业。
二、寻衅滋事案底对注册和职业发展的影响
对注册的影响：
- 寻衅滋事案底本身并不直接导致您无法注册助理医师资格证。注册主要关注的是您的医学知识和技能是否达标，以及是否满足其他注册条件（如学历、培训经历等）。然而，某些地区或机构在注册时可能会进行背景调查，案底可能成为他们考虑的因素之一，但这并非绝对。
对职业发展的影响：
- 寻衅滋事案底可能对您未来从事医疗相关工作的职业发展产生一定影响。一些医疗机构或岗位在招聘时可能会要求应聘者提供无犯罪记录证明，案底可能导致您无法通过这些机构的背景调查。此外，即使您能够注册并从事医疗工作，案底也可能在您的职业晋升、评优等方面产生不利影响。
三、建议与考虑
了解具体规定：
- 在决定是否注册助理医师资格证之前，建议您先了解当地卫生行政部门或相关医疗机构的具体规定和要求。这有助于您更准确地判断自己的情况和前景。
考虑职业发展：
- 除了法律层面的考虑外，您还需要考虑自己的职业发展。如果您对医疗工作有浓厚的兴趣和热情，并且愿意为此付出努力和时间，那么注册并从事医疗工作可能是一个不错的选择。然而，如果您对医疗工作没有太大的兴趣或者担心案底对职业发展产生不利影响，那么您可能需要考虑其他职业路径。
寻求专业咨询：
- 如果您对注册助理医师资格证或寻衅滋事案底对职业发展的影响有任何疑问或担忧，建议您寻求专业的法律咨询或职业规划建议。这有助于您更全面地了解自己的情况和前景，并做出更明智的决策。
最后，如果您有任何关于刑事案件、取保候审、诈骗犯罪、公司犯罪等领域的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和需求，提供专业、全面、清晰的法律建议。