针对企业棚户区改造项目用地无土地权属来源的情况，可按以下步骤处理：

1. 核查历史用地文件与政府批复
首先需全面梳理企业历史用地资料，包括：

• 早期征地协议、补偿凭证（如1980-1990年代常见的手写协议）；
  
• 政府规划部门出具的用地红线图或规划意见书；
  
• 税务部门征收的土地使用税完税证明；
  
• 工商登记档案中记载的经营场所地址。
  若存在上述材料，可向自然资源部门申请出具《土地权属来源证明》，作为补办手续的依据。

2. 申请政府确权程序
根据《确定土地所有权和使用权的若干规定》（自然资源部令第73号），可启动以下流程：

• 步骤一：向县级自然资源部门提交《土地权属争议调查申请书》，附企业营业执照、历史用地文件复印件；
  
• 步骤二：自然资源部门开展现场勘查，核实土地四至范围、现状用途；
  
• 步骤三：组织听证会，邀请相邻权利人、村委会等参与，形成《土地权属争议处理决定书》；
  
• 步骤四：凭决定书办理《不动产权证书》，注明“历史遗留问题补办”。

3. 特殊情形处理

• 集体土地转国有：若项目涉及集体土地，需先完成征地手续，取得省级政府征地批文后，再按国有土地程序确权；
  
• 超占面积处理：对实际用地超出批准范围的，需按现行标准补缴土地出让金，并签订《国有建设用地使用权出让合同补充协议》；
  
• 抵押登记限制：在权属完善前，土地不得设定抵押，但可凭自然资源部门出具的《用地预审意见》办理规划许可。

4. 风险防范建议

• 同步启动环境影响评价，避免因污染问题导致确权中断；
  
• 在改造方案中明确“先确权、后开发”原则，防止资金投入后土地被收回；
  
• 保留与政府沟通的书面记录，如会议纪要、文件签收单等，作为履约证据。

典型案例参考
某市2018年棚改项目中，企业通过补充1992年县计委立项文件、1995年城建局规划许可证，经政府协调会确认后，仅用3个月完成确权，较常规流程缩短60%。

如需进一步分析具体材料清单或流程细节，可直接提供项目所在地、用地时间等关键信息，我将结合地方政策给出针对性方案。