体检麻醉致人死亡，即使在保险公司赔偿协议中写明医院负大部分责任，也不能直接作为法律上的责任认定。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 责任认定的法律程序

1. 法律原则：在法律上，责任的认定需要依据事实、证据以及相关法律法规进行综合判断，而非仅仅依据某一份协议或赔偿决定。
2. 司法程序：通常，责任的认定需要通过司法程序，如诉讼或仲裁，由法院或仲裁机构根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。

二. 协议的性质与效力

1. 协议性质：保险公司与受害者（或其家属）之间的赔偿协议，主要是基于保险合同关系而达成的，它主要解决的是保险赔偿问题，而非直接对医院责任进行法律认定。
2. 效力范围：该协议在保险赔偿范围内具有约束力，但并不能直接作为医院责任认定的法律依据。它更多体现的是双方就赔偿事宜达成的合意，而非对法律责任的确认。

三. 医院责任的判定

1. 判定依据：医院是否承担责任，以及承担多大责任，需要依据医疗事故鉴定、医疗损害鉴定等法定程序进行判定。这些程序会综合考虑医疗行为是否存在过错、过错与损害后果之间是否存在因果关系等因素。
2. 法律程序：如果双方对医院责任存在争议，应通过诉讼或仲裁等法律程序进行解决，由法院或仲裁机构根据证据和法律规定进行裁决。

综上所述，即使在保险公司赔偿协议中写明医院负大部分责任，这也不能直接作为法律上的责任认定。责任的认定需要依据法律程序和法定证据进行，而非仅仅依据某一份协议或赔偿决定。如果有进一步需要，您可以继续咨询我。