当您发现农村土地被他人占用时，可以按照以下步骤来妥善处理这一问题，以维护自己的合法权益：

一、友好协商，明确权益

首先，建议您心平气和地与占用土地的对方进行友好商谈。在商谈过程中，要明确指出对方的行为属于侵权，并要求其立刻停止这种行为，将土地归还给您。同时，为了后续维权有据可依，一定要妥善保留好协商过程中的相关证据，如录音、聊天记录等。这些证据能够清晰地记录下双方的交谈内容，为后续的调解、仲裁或诉讼提供有力支持。

二、申请调解，借助外力

如果协商没有效果，您可以向乡镇人民政府、农村集体经济组织或村民委员会等地方申请调解。在调解过程中，要清晰地表达出自己对于土地的诉求，详细说明土地的权属情况，让调解人员能够准确了解整个事情的来龙去脉。调解人员作为中立第三方，会尽力促成双方和解，达成一个双方都能接受的解决方案。

三、申请仲裁，依法裁决

倘若调解依旧没能解决问题，您可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁机构会依据相关的法律法规，对土地的归属以及对方的侵权责任进行判定。仲裁结果具有法律效力，如果对方不履行仲裁裁决，您可以进一步采取法律手段来维护自己的权益。

四、提起诉讼，法律维权

如果对仲裁结果不满意，或者对方拒绝履行仲裁裁决，您可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，要充分利用好之前收集的证据，坚定地维护自身的合法权益。法院会依法审理案件，并作出公正的判决。如果判决对方败诉，对方需要履行判决义务，否则将面临法律制裁。

五、注意事项

在整个处理过程中，您一定要注意保留好各种证据。除了之前提到的录音、聊天记录外，还可以收集土地承包合同、土地使用证等权属证明文件。这些证据能够有力地证明您对土地拥有合法的权益，让您的主张更有说服力。

同时，解决土地纠纷必须依法依规进行，千万不能一时冲动采取过激行为。过激行为不仅可能无法解决问题，还可能给自己带来更多的麻烦和法律责任。

希望以上建议能够对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，可以随时向我咨询。