应急管理局检查企业逾期未整改的，主要依据《安全生产违法行为行政处罚办法》进行处罚。具体分析如下：
一、法律依据
根据《安全生产违法行为行政处罚办法》（原国家安全生产监督管理总局令第15号）的相关规定：
第十七条第一款：生产经营单位被责令限期改正或者限期进行隐患排除治理的，应当在规定限期内完成。这是对企业整改期限的明确规定，企业必须严格遵守。
第四十五条第(七)项：拒不执行安全监管监察部门依法下达的安全监管监察指令的，将面临行政处罚。这一条款直接针对企业逾期未整改的行为，明确了处罚的法律依据。
二、处罚措施
当企业逾期未整改时，应急管理局可以依据上述法律条款，对企业采取以下处罚措施：
警告：对企业进行警告，指出其违法行为，并要求其立即整改。
罚款：根据违法行为的严重程度和后果，对企业处以一定数额的罚款。罚款数额可能因地区、行业及具体违法情节而有所不同，但通常都会明确一个具体的罚款范围或标准。例如，在某些案例中，企业可能因逾期未整改而被处以1万元甚至更高的罚款。
其他处罚：除了警告和罚款外，应急管理局还可以根据具体情况，采取其他处罚措施，如责令停产停业、暂扣或吊销相关证照等。
三、实际案例
在实际操作中，已有多个案例表明，企业因逾期未整改而受到应急管理局的行政处罚。例如，元谋县应急管理局就曾对多家逾期未整改的企业进行过处罚，包括警告、罚款等措施。这些案例充分说明了应急管理局在处理企业逾期未整改问题时的严格态度和坚定决心。
四、建议与启示
严格遵守整改期限：企业应认真对待应急管理局下达的整改指令，严格按照规定的期限完成整改工作。
加强安全管理：企业应建立健全的安全管理制度，加强日常安全检查和隐患排查工作，及时发现并消除安全隐患。
积极配合监管：在应急管理局进行检查和整改工作时，企业应积极配合，提供必要的资料和协助，确保整改工作的顺利进行。
作为高培振律师，我建议企业在面对应急管理局的检查和整改要求时，务必认真对待、积极配合，并严格按照法律法规的要求进行整改。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和帮助。