在处理使用不合格食品原料案件时，违法所得的计算通常遵循全部收入法，即按销售价格计算，不扣除成本，但需结合具体情形和法律规定进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、违法所得的计算原则
在食品安全违法案件中，违法所得是指当事人因违反食品安全法律法规而获得的全部收入。这包括实施违法行为所取得的款项（如销售金额）以及其他相关收益。关于是否扣除成本，实践中存在不同观点，但在食品安全领域，通常更倾向于采用全部收入法，即不扣除成本，以体现对违法行为的严厉惩处。不过，也需注意，某些特定情况下或地方性规定中，可能对成本扣除有特别说明，此时应遵循具体规定。
二、违法所得的具体计算方法
全部收入法：
- 这是最直接且常用的方法，即计算违法行为人在违法期间内的全部销售收入。
- 示例：某食品厂使用不合格原料生产并销售了价值50万元的食品，那么这50万元即可视为其违法所得，不扣除生产成本。
利润法（特定情境下参考）：
- 虽然食品安全案件中不常采用，但在某些特定情境或理论讨论中，会考虑违法行为人通过违法行为实际获得的利润，即销售收入减去成本费用。
- 示例（仅作理论说明）：若上述食品厂生产不合格食品的成本为30万元，采用利润法计算，则违法所得为20万元。但需强调，在食品安全违法案件的实际处理中，此方法并不常用。
三、特殊情况下的处理
无法确定全部违法所得的：
- 如果违法行为人的账目混乱，无法准确计算其全部违法所得，执法部门可以根据已掌握的证据和事实进行估算。
- 估算时应遵循合理、公正的原则，确保估算结果能够反映违法行为人的实际获利情况。
多次违法且未分别核算的：
- 如果违法行为人多次实施违法行为，且未分别核算每次违法的所得，执法部门应要求其进行核算；如果拒绝核算或无法核算，则可以将所有违法行为的所得合并计算。
共同违法的：
- 当多个主体共同实施违法行为时，应根据各自的贡献程度和作用大小来分配违法所得。
- 如果无法明确划分各自的作用和贡献，则可以平均分配违法所得（但这并非绝对，具体应根据实际情况判断）。
四、法律依据与程序
- 食品案件违法所得的计算应遵循相关法律法规的规定，如《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国行政处罚法》等。
- 执法部门在计算违法所得时，应依法进行调查取证，确保证据的真实性和合法性。
- 当事人对违法所得的计算结果有异议的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
五、建议与注意事项
- 对于执法部门：在处理使用不合格食品原料案件时，应严格按照法律规定和程序计算违法所得，确保计算的准确性和公正性。
- 对于当事人：如果对违法所得的计算结果有异议，应及时提出并依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
如有任何关于食品安全违法案件中违法所得计算的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。