在双方有纠纷的情况下，另外一方不可以不配合执法部门的工作。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律义务角度

根据我国相关法律法规，公民有义务配合执法部门的合法调查和执行工作。这是公民的基本法律义务之一，旨在维护社会秩序和公共利益。在双方存在纠纷的情况下，这一义务并不因纠纷的存在而免除。无论纠纷的性质如何，当事人都有责任遵守法律，配合执法部门的正常工作。

二、纠纷解决与执法配合的关系

1. 纠纷解决途径：双方存在纠纷时，应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。这些途径旨在通过和平、理性的方式解决争议，避免冲突升级。
2. 执法配合的独立性：执法部门的工作是独立的，其目的是维护法律秩序和公共安全。在纠纷解决过程中，执法部门可能需要进行调查、取证等工作，这些工作与纠纷的解决是并行的，且不受纠纷解决结果的影响。
3. 不配合的法律后果：如果一方不配合执法部门的工作，可能会面临法律责任。这包括但不限于罚款、拘留等行政处罚，甚至可能构成犯罪，如妨碍公务罪等。

三、实际案例与法律后果

在实际案例中，不配合执法部门工作往往会导致不良后果。例如，在交通执法中，如果驾驶员不配合交警的检查，可能会被处以罚款、扣分等处罚。在更严重的案件中，如涉及刑事犯罪的调查，不配合执法部门可能会导致更严重的法律后果，包括被追究刑事责任。

四、建议与措施

1. 增强法律意识：双方应增强法律意识，明确自己的法律义务和责任。在纠纷解决过程中，应遵守法律，配合执法部门的工作。
2. 积极解决纠纷：双方应通过合法途径积极解决纠纷，避免冲突升级。在解决纠纷的过程中，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
3. 配合执法调查：如果执法部门需要进行调查或执行工作，双方应积极配合，提供必要的协助和信息。这有助于维护法律秩序和公共安全，也有助于纠纷的顺利解决。

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