同一项目、同一原被告但不同案件的情况下，法院起诉和仲裁一般不能并案处理。以下从不同角度为您详细分析：
一、仲裁与诉讼的基本原则
仲裁一裁终局：仲裁实行一裁终局制度，即仲裁裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。这一原则确保了仲裁的高效性和终局性。
或裁或审原则：根据法律规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，一旦选择了仲裁作为纠纷解决方式，就应当按照仲裁程序进行，不能再就同一纠纷向法院起诉。
二、并案处理的限制
程序冲突：仲裁和诉讼是两种不同的纠纷解决方式，它们各自有独立的程序规则。如果允许并案处理，可能会导致程序上的混乱和冲突，影响纠纷解决的效率和公正性。
司法资源浪费：如果当事人可以利用仲裁和诉讼两种程序反复维权，将会浪费大量的司法资源。为了避免这种情况的发生，法律通常不允许并案处理。
三、特殊情况下的处理
尽管一般情况下仲裁和诉讼不能并案处理，但也存在一些特殊情况：
仲裁协议无效或失效：如果仲裁协议存在无效或失效的情形，当事人可以向人民法院起诉。在这种情况下，由于仲裁程序已经无法进行，因此并案处理的问题也就不复存在。
仲裁裁决被撤销或不予执行：如果仲裁裁决被人民法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向人民法院起诉。此时，由于仲裁裁决已经失去法律效力，因此当事人可以选择通过诉讼方式解决纠纷。但需要注意的是，这并不意味着仲裁和诉讼可以并案处理，而是指在仲裁裁决失效后，当事人可以重新选择诉讼方式。
四、实际案例与建议
在实际操作中，如果同一项目、同一原被告但涉及不同案件，且部分案件选择仲裁、部分案件选择诉讼，那么这些案件通常需要分别进行。例如，如果原被告之间存在多个合同关系，且每个合同都单独约定了仲裁条款或诉讼条款，那么这些合同纠纷就需要分别按照约定的方式解决。
建议：在签订合同时，当事人应当明确约定纠纷解决方式，并尽量避免就同一纠纷同时选择仲裁和诉讼。如果确实需要就同一项目涉及多个纠纷，建议分别签订合同并明确各自的纠纷解决方式，以避免后续处理中的麻烦和不确定性。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。