若进入诉讼程序，法院可能根据证据规则、双方交易习惯及诚实信用原则，对实际借款金额作出与借条不一致的认定。具体分析如下：

1. 证据优势原则下的金额认定
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院在审理民间借贷纠纷时，会综合审查双方提交的证据。若出借人能提供转账记录、聊天记录、录音等证据，证明实际出借金额高于借条记载金额（例如借条写5万，但转账记录显示6万），且借款人无法提供反证推翻，法院可能按实际金额认定借款本金。反之，若借款人能证明部分款项未实际交付（如出借人主张现金支付但无证人），则可能扣除相应金额。

2. 交易习惯与诚实信用原则的辅助判断
   若双方长期存在借贷关系，且此前交易均通过银行转账完成，此次出借人主张部分现金支付但无合理理由，法院可能依据交易习惯，对现金支付部分不予采信。此外，若借款人能证明出借人故意少写借条金额以获取非法利益（如高息），法院可能依据《民法典》第148条（欺诈）或第154条（恶意串通）认定借条部分无效。

3. 利息预扣的特殊处理
   若出借人主张借条金额包含“砍头息”（如借款10万，实际交付9万，借条写10万），根据《民法典》第670条及《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第26条，法院会以实际出借金额9万为本金，并调整利息计算基数。

建议：

• 若您是出借人，需保留转账记录、借条原件、沟通记录等证据，证明实际交付金额；
  
• 若您是借款人，可主张未收到部分款项，并要求出借人提供交付证明；
  
• 双方均可申请司法鉴定（如借条形成时间、签字真实性），或申请法院调查取证（如调取银行流水）。
  

具体案件需结合证据细节分析，您可直接向我提供借条、转账记录等材料，我会进一步为您梳理诉讼策略。