分期还款协议中的补充协议，通常包含以下几个方面的内容：

1. 还款方案的选择与明确：

   • 补充协议中会明确双方选择的还款方案，比如是一次性还款还是分期还款。若选择分期还款，则会详细列出每期的还款金额、还款时间等具体信息。例如，协议可能规定“乙方分期偿付甲方欠款，具体还款时间及数额如下：第一期于XXXX年XX月XX日前偿还XX元，第二期于XXXX年XX月XX日前偿还XX元，以此类推”。

2. 余款的处理：

   • 若双方约定在乙方按照补充协议偿还部分欠款后，甲方放弃对余款的求偿权，则补充协议中会明确这一点。比如，“乙方按照本协议第一条偿还了欠款后，甲方放弃余款XX元的求偿权，并自人民币到帐后双方就此笔业务的债权债务关系就此消灭”。

3. 付款义务与违约责任：

   • 补充协议会规定乙方的付款义务，以及若乙方未按照协议约定付款，甲方将保留追究全部欠款本金及利息的法律责任。例如，“如乙方按约履行了本协议第一条的付款义务，在此付款日之前甲方将不以该协议作为全额收款的依据；若乙方未按照本协议第一条的约定付款，甲方将保留向乙方追究全部欠款，即XX元（大写）本金及利息的法律责任”。
   • 同时，协议还可能规定乙方逾期支付的滞纳金，如“乙方逾期支付的，从逾期之日起，乙方每日应按逾期货款的XX%向甲方支付滞纳金”。

4. 纠纷解决方式：

   • 补充协议中会明确双方在协议履行期间如有纠纷，应如何解决。通常，双方会约定友好协商解决，协商不成则任何一方可向有管辖权的人民法院提起诉讼。

5. 协议生效与份数：

   • 补充协议会规定协议的生效条件，如“本协议自双方签字后生效”。同时，还会明确协议的份数，如“本协议一式两份，双方各执一份”。

在制定分期还款协议的补充协议时，还需要注意以下几点：

• 明确性：协议中的各项条款应明确无误，避免出现模糊或歧义的表述。
• 合法性：协议内容应符合相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定。
• 公平性：协议应体现双方当事人的真实意愿，确保协议内容公平合理。

若您在制定或审查分期还款协议的补充协议时遇到任何问题，或有其他债务债权方面的法律疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。