本金六千，罚息三千是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断依据
合同约定：
- 如果借款合同中明确约定了罚息的计算方式和上限，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定收取的罚息就是合法的。
- 例如，若合同约定罚息为日利率万分之五，那么对于六千元的本金，每日的罚息就是三元，一个月（按30天算）就是九十元，远低于三千元。但若合同中有特别约定，如逾期超过一定期限后罚息大幅上升，且该约定合法，则可能达到或超过三千元。
法律法规限制：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，超出部分的利息约定无效。
- 假设当前一年期贷款市场报价利率为3.85%，则其四倍为15.4%。对于六千元的本金，一年的合法利息上限约为九百二十四元（6000 * 15.4% = 924，此处为简化计算，实际可能因天数等因素略有不同），远低于三千元。但需注意，此处的利息上限是指正常利息，罚息可能因合同特别约定而有所不同。
- 另外，如果罚息加上正常利息的总和超过了法定上限，那么超出部分可能被视为不合法。
二、可能的不合法情形
罚息过高：
- 如果罚息的计算方式导致最终收取的罚息远超过本金的一定比例（如上述例子中的三千元相对于六千元本金），且没有合同依据或合同依据违反法律法规，那么这种罚息就是不合法的。
合同无效或可撤销：
- 如果借款合同本身存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），那么基于该合同收取的罚息也可能被视为不合法。
三、建议与措施
审查合同：
- 首先应仔细审查借款合同，了解罚息的计算方式和上限，以及是否存在其他可能影响罚息合法性的条款。
协商与调解：
- 如果认为罚息过高或不合法，可以与出借人进行协商，尝试达成一个双方都能接受的罚息方案。
- 如果协商无果，可以寻求第三方调解机构的帮助，如消费者协会、金融调解委员会等。
法律途径：
- 如果出借人坚持收取不合法的罚息，且协商和调解均无果，那么可以向法院提起诉讼，要求确认罚息条款无效或调整罚息金额。
举例说明：假设借款合同中约定逾期后每日按本金的千分之五收取罚息，那么对于六千元的本金，每日的罚息就是三十元。如果逾期一百天，罚息就是三千元。但此时需审查该约定是否违反了法律法规的强制性规定（如是否超过了法定利率上限）。如果违反了，则超出部分可能被视为不合法。
计算公式（以日利率为例）：罚息 = 本金 × 日罚息利率 × 逾期天数。若日罚息利率过高导致总罚息超过法定上限，则超出部分不合法。
具体数值计算（假设日罚息利率为千分之五，逾期一百天）：罚息 = 6000 × 0.5% × 100 = 3000元。但需根据实际情况和法律法规判断该罚息是否合法。
综上所述，本金六千罚息三千是否合法需根据合同约定和法律法规进行综合判断。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。