纪检监察部门在办案过程中不能适用现已废止的法规条例。以下从法律原则、实践操作及法律后果三个角度进行详细分析：

一、法律原则角度

根据法治原则，法律具有时效性，即法律只在特定的时间范围内有效。一旦法律被废止，就意味着该法律不再具有法律效力，不能作为执法或司法的依据。纪检监察部门作为执法机关，必须严格遵守现行有效的法律法规，不能适用已经废止的法规条例。这是法治原则的基本要求，也是保障公民权利、维护法律权威的重要体现。

二、实践操作角度

在纪检监察部门的办案实践中，适用现已废止的法规条例会导致严重的法律后果。一方面，这可能导致案件处理结果的不公正，因为废止的法规条例可能已经与当前的社会现实、法律理念或政策导向不符。另一方面，这也可能损害纪检监察部门的公信力，因为适用废止的法规条例会被视为执法不严或违法执法。因此，从实践操作的角度来看，纪检监察部门必须严格避免适用现已废止的法规条例。

三、法律后果角度

如果纪检监察部门在办案过程中适用了现已废止的法规条例，可能会面临一系列的法律后果。首先，这可能导致案件被撤销或改判，因为适用废止的法规条例属于法律适用错误。其次，这可能引发当事人的申诉或控告，要求纪检监察部门承担相应的法律责任。最后，这也可能对纪检监察部门及其工作人员的职业生涯产生负面影响，如受到纪律处分或法律追究。

建议与提醒：

1. 加强法律法规学习：纪检监察部门应定期组织工作人员学习现行有效的法律法规，确保在办案过程中能够准确适用法律。

2. 建立法律审查机制：在办案过程中，应建立严格的法律审查机制，对适用的法律法规进行审查，确保其现行有效。

3. 及时更新法律知识：随着法律法规的不断更新和完善，纪检监察部门应及时更新法律知识，避免适用已经废止的法规条例。

如果您在纪检监察办案过程中遇到任何法律问题，或者对法律法规的适用有疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见。