缺席判决后被告上诉，确实可以在上诉过程中否认一审判决认定的事实。以下是对此问题的详细分析：
一、上诉的权利与程序
上诉权：根据我国《民事诉讼法》的相关规定，当事人对一审判决不服的，有权在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。这是法律赋予当事人的基本诉讼权利。
上诉程序：被告在上诉期内提交上诉状，并缴纳上诉费后，上诉程序即启动。在上诉过程中，被告可以针对一审判决中的事实认定、法律适用或程序问题提出异议。
二、否认一审判决认定事实的方式与理由
提出新证据：被告在上诉过程中，可以提交新的证据来证明一审判决认定的事实存在错误。这些新证据应当是之前未能提交或未能发现的，且对案件结果有重大影响。
指出一审程序违法：如果一审过程中存在程序违法的情况，如未依法送达、未依法开庭等，被告可以在上诉中指出，并请求二审法院撤销原判决。
对事实认定的异议：被告可以对一审判决中认定的事实提出异议，认为一审法院在事实认定上存在错误或遗漏。这需要被告提供充分的证据和合理的理由来支持其主张。
三、上诉的法律后果与注意事项
上诉不停止执行：根据法律规定，上诉期间原判决不停止执行。这意味着，即使被告提出了上诉，一审判决仍然具有法律效力，被告需要履行判决中的义务。但被告可以通过提供担保等方式，申请法院暂停执行。
二审法院的审查范围：二审法院在审查上诉案件时，会全面审查一审判决的事实认定和法律适用。如果二审法院认为一审判决存在错误，会依法进行改判或撤销原判决，发回重审。
注意事项：
四、实例说明
假设在一审中，法院认定被告欠原告一定数额的款项，并作出了相应的判决。被告认为一审法院在事实认定上存在错误，如实际欠款数额与一审认定不符。在上诉期内，被告向上一级人民法院提起了上诉，并提交了新的证据来证明其主张。二审法院在审查过程中，认为被告提交的新证据足以证明一审判决在事实认定上存在错误，因此依法进行了改判。
总结与建议：缺席判决后被告上诉，可以在上诉过程中否认一审判决认定的事实。但被告需要提供充分的证据和合理的理由来支持其主张，并遵守诉讼程序。如果你作为被告面临此类情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。