起诉主体不对，法院会在立案或审理阶段进行询问并可能驳回起诉。具体分析如下：
立案阶段的形式审查与询问
在立案阶段，法院会对起诉材料进行形式审查。这一阶段，法院主要关注起诉是否符合法定形式要件，包括起诉状是否载明原告和被告的基本信息、诉讼请求是否明确、事实与理由是否清晰等。若法院发现起诉主体不适格，例如原告与案件无直接利害关系，或者被告不明确、不具体，法院会裁定不予受理，并可能通过询问的方式要求原告补正或说明。这一环节的询问，旨在确保起诉符合法律规定的起诉条件，避免无效诉讼。
审理阶段的实质审查与询问
若案件进入审理阶段，法院会进行实质审查。这一阶段，法院不仅关注起诉的形式要件，更会深入审查起诉主体是否适格，即原告是否为与案件有直接利害关系的公民、法人或其他组织，被告是否明确且为适格的诉讼主体。在审理过程中，若法院经审查发现起诉主体不适格，会通过询问、举证、质证等方式进一步核实，并根据情况作出处理：
原告不适格：若原告与案件无直接利害关系，不具备诉讼主体资格，法院会裁定驳回起诉。这一裁定意味着原告的起诉不符合法律规定的起诉条件，诉讼程序无法继续进行。
被告不适格：若被告不明确或不具体，或者与案件无直接关联，法院会告知原告变更被告。若原告拒绝变更，法院也可能裁定驳回起诉。这一处理旨在确保诉讼的针对性和有效性，避免无效诉讼。
法律依据与诉讼程序正当性
起诉主体适格是诉讼程序合法启动的前提条件。根据《民事诉讼法》的相关规定，起诉必须符合原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织等条件。若起诉主体不适格，诉讼程序将缺乏正当性基础，无法继续进行实体审理。因此，法院在立案和审理阶段对起诉主体进行审查，并通过询问的方式确保诉讼程序的正当性，是符合法律规定的。
实务建议与风险提示
起诉前仔细核对主体信息：在提起诉讼前，原告应仔细核对起诉状中的原告和被告信息，确保与案件有直接利害关系，且被告明确、具体。避免因主体不适格而导致诉讼程序受阻。
积极配合法院询问：在立案和审理过程中，若法院对起诉主体提出询问，原告应积极配合，提供相关证据和说明。这有助于法院准确判断起诉主体是否适格，避免不必要的诉讼延误。
及时变更不适格主体：若法院告知原告起诉主体不适格，并要求变更，原告应及时变更。拒绝变更可能导致诉讼程序被驳回，增加诉讼成本和时间成本。
如有任何关于诉讼主体或诉讼程序的疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。