在农业设施用地上建纸箱厂直接用于农副产品包装，这一行为是否违法，需结合具体情况来判断，但通常情况下，该行为可能涉及违法。以下是从不同角度进行的分析：
一、农业设施用地的性质与用途限制
农业设施用地，顾名思义，是用于农业生产的设施建设用地，如温室、大棚、畜禽舍等。这类用地的性质决定了其用途应严格限定在农业生产范围内，以确保土地资源的合理利用和农业生产的持续发展。根据相关法律法规，农业设施用地不得擅自改变用途，用于非农业建设。
二、纸箱厂建设的性质与合规性分析
如果纸箱厂的建设未改变土地性质且符合规划：
- 理论上，若纸箱厂的建设完全在农业设施用地的范围内进行，且未改变土地性质（如仍为集体所有或农业用途），同时符合当地土地利用总体规划和城乡规划，那么该行为可能不直接构成违法。但这种情况极为罕见，因为纸箱厂的生产活动通常不属于农业生产范畴。
如果纸箱厂的建设改变了土地性质或违反了规划：
- 若纸箱厂的建设涉及将农业设施用地转变为工业用地，或未按照当地土地利用总体规划和城乡规划进行建设，那么该行为很可能构成违法。因为这违反了土地管理法和城乡规划法的相关规定，可能面临土地管理部门的处罚，包括责令退还土地、拆除建筑物、罚款等。
三、法律后果与风险提示
- 行政处罚：如上述分析，若纸箱厂的建设违反了土地管理法和城乡规划法，土地管理部门有权对其进行行政处罚，包括但不限于责令停止建设、限期拆除、罚款等。
- 民事责任：若因纸箱厂的建设导致相邻权人（如其他农户）的权益受损，建设者还可能面临民事赔偿责任。
- 刑事责任：在极端情况下，若纸箱厂的建设涉及非法占用农用地且情节严重，还可能构成非法占用农用地罪，建设者将面临刑事责任的追究。
四、建议与措施
- 合规性审查：在计划建设纸箱厂之前，务必进行合规性审查，确保建设活动符合当地土地利用总体规划和城乡规划。
- 申请变更土地用途：若确实需要在农业设施用地上建设纸箱厂，应依法申请变更土地用途，并获得相关部门的批准。
- 咨询专业律师：鉴于土地法律问题的复杂性，建议在建设前咨询专业律师，以确保建设活动的合法性和合规性。
综上所述，在农业设施用地上建纸箱厂直接用于农副产品包装，这一行为是否违法需结合具体情况来判断。但通常情况下，由于纸箱厂的生产活动不属于农业生产范畴，且可能涉及土地性质的改变和规划的违反，因此该行为可能构成违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。