交通肇事判决书双方已经签字且超过3天，一般情况下不能直接申请复议，但存在特殊情形时仍可尝试。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情形下的复议期限

根据《道路交通事故处理程序规定》，当事人对道路交通事故认定或者出具的道路交通事故证明有异议的，应当自道路交通事故认定书或者道路交通事故证明送达之日起三日内，向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。这一规定明确了复议的期限，即自送达之日起三日内。若超过此期限，一般情况下，上级公安机关交通管理部门将不再受理复议申请。

二、特殊情形下的复议可能性

尽管存在上述一般规定，但法律也预留了特殊情形下的复议空间。具体来说，如果有证据能够证明存在《道路交通事故处理程序规定》第七十条所规定的情形之一，那么复核申请的期限将不受三日的限制。这些特殊情形通常涉及责任认定的重大错误或新证据的出现等。

三、申请复议的注意事项

1. 证据准备：若希望在超过三日后申请复议，必须准备充分的证据来支持自己的复议请求。这些证据应当能够有力地证明原责任认定存在错误或存在其他法定复议理由。
2. 书面申请：无论是否在三日内提出复议申请，都应当以书面形式进行。书面申请应详细说明复议的理由和依据，并附上相关证据材料。
3. 受理审查：复议机关将对申请进行认真的审查。若符合规定的要求，复议机关将重新对交通事故进行认定。

四、法律后果与建议

• 法律后果：若未在规定期限内提出复议申请，且不存在特殊情形，那么原责任认定将具有法律效力。此后，若对责任认定仍有异议，将难以通过复议途径解决。
• 建议：对于交通肇事判决书，当事人应在收到后仔细审查，并在规定期限内提出复议申请（若有必要）。若因特殊原因错过期限，应尽快咨询专业律师，评估是否存在特殊情形下的复议可能性，并准备相应的证据材料。

总结来看，虽然交通肇事判决书双方已经签字且超过3天，一般情况下不能直接申请复议，但若存在特殊情形且能提供充分证据，仍可尝试向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。在此过程中，建议当事人咨询专业律师以获取更具体的法律指导和帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。