针对通过规划核实后擅自拆除地下室机械停车位的行为，其处罚需结合具体违法情形及法律适用综合判定，核心结论如下：

1. 违反规划许可的行政处罚
   根据《城乡规划法》第六十四条，未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

   • 擅自拆除机械停车位若导致停车位数量减少，且未重新申请规划变更，属于“未按照规划许可建设”，可能面临限期恢复原状、罚款（按拆除部分造价比例）或没收违法所得的处罚。
     
   • 若拆除后未影响规划实施（如通过其他方式补足停车位），可能仅需承担改正责任及较低比例罚款。
     

2. 违反物业管理规定的责任
   若机械停车位属于全体业主共有（如规划为公共停车位），擅自拆除可能违反《物业管理条例》第五十五条：利用物业共用部位、共用设施设备进行经营的，应当在征得相关业主、业主大会、物业服务企业的同意后，按照规定办理有关手续。

   • 业主或物业擅自拆除：需承担恢复原状、赔偿损失等民事责任；若涉及经营性收益，可能面临行政处罚（如没收违法所得）。
     
   • 开发商擅自拆除：若未履行规划变更手续，除行政处罚外，还需对业主承担违约责任（如合同约定停车位数量）。
     

3. 消防与安全领域的连带责任
   若机械停车位拆除导致消防通道受阻或影响消防设施使用，可能违反《消防法》第六十条，由消防救援机构责令改正，处五千元以上五万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款。

实务建议：

• 立即停止拆除行为，向规划部门申请规划变更或补办手续；
  
• 若涉及业主共有部分，需通过业主大会决议并公示；
  
• 委托第三方机构评估拆除对规划、消防的影响，制定整改方案。
  

提示：具体处罚需结合地方性法规及拆除行为的实际影响，建议提供项目规划文件、拆除范围等细节进一步分析。