针对您提出的“闯红灯扣了6分，通过学法减分得了6分，驾驶证上怎么只有九分啊”这一问题，以下是我的详细解答：
一、结论前置
驾驶证上的记分情况，是依据您在一个记分周期内的实际交通违法行为记分以及学法减分后的结果综合计算的。若您闯红灯被扣6分后，通过学法减分成功减免了6分，理论上您的驾驶证记分应恢复至扣分前的状态（假设之前无其他记分）。若驾驶证上显示只有九分，可能存在以下几种情况：
记分周期内还有其他记分：
- 若您在闯红灯被扣6分之前，驾驶证上已有其他记分，那么即使通过学法减分减免了6分，您的驾驶证记分也可能不会完全恢复至满分状态。
学法减分未完全成功或存在延迟：
- 学法减分后，系统需要一定时间来更新您的驾驶证记分情况。若您刚完成学法减分，可能记分尚未及时更新，导致驾驶证上显示的记分与实际情况不符。
- 另外，若学法减分过程中存在违规行为（如作弊），可能导致减分无效，从而影响驾驶证记分。
地区政策或系统差异：
- 不同地区对于学法减分的政策执行和系统操作可能存在差异，可能导致记分显示不准确。
二、具体分析
记分周期与记分计算：
- 驾驶证的记分周期为12个月，从您初次领证之日起计算。在一个记分周期内，您的记分情况会累积计算。
- 若您闯红灯被扣6分，且该记分周期内无其他记分，通过学法减分减免6分后，您的驾驶证记分应恢复至满分（12分）状态（但需注意，学法减分通常在一个记分周期内累计减免不超过6分，且需确保记分周期内总记分未超过12分）。
- 若您在闯红灯被扣6分之前，已有其他记分（如3分），则通过学法减分减免6分后，您的驾驶证记分应为9分（12分 - 3分（原有记分）+ 6分（减免）- 6分（闯红灯扣分，但已减免）= 9分，此处为简化计算，实际应考虑记分周期内总记分未超过12分的前提）。但更准确的计算方式是：原有记分+新扣分-学法减分=当前记分，即若原有3分，新扣6分，学法减分6分，则当前记分为3分（原有）+6分（新扣）-6分（学法减分）=3分（但此情况需确保记分周期内总记分未超12分，且学法减分后总记分不低于0）。不过，从您的描述看，更可能是原有记分+闯红灯6分后，再通过学法减分6分，但原有记分导致最终记分非满分。
学法减分的操作与效果：
- 学法减分通常需要通过指定的平台（如“交管12123”APP）进行学习并考试合格后，方可减免相应的记分。
- 减免的记分会从您的驾驶证记分中扣除，但这一过程可能需要一定时间来完成系统更新。
地区政策与系统差异的影响：
- 不同地区对于学法减分的政策执行可能存在差异，包括减免的记分额度、次数限制等。
- 系统操作也可能存在差异，导致记分显示不准确或更新延迟。
三、建议与措施
核实记分情况：
- 建议您通过“交管12123”APP或当地交警部门的官方网站查询您的驾驶证记分情况，以确认记分是否准确。
联系当地交警部门：
- 若您发现记分显示不准确或存在疑问，可以联系当地交警部门进行咨询和核实。
遵守交通规则：
- 无论记分情况如何，都建议您严格遵守交通规则，避免再次发生交通违法行为。
及时了解政策变化：
- 学法减分的政策可能因地区而异，且可能随时间发生变化。建议您及时了解当地政策的变化情况，以便更好地利用这一政策。
希望以上解答能够对您有所帮助。若您还有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。