闯了两次红灯后，通过学法减分减掉6分，再被扣3分，这种情况在法律上是允许的，但减分不能抵消已经产生的违法记分。下面是对此情况的具体分析：

一. 闯红灯的记分规定

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，闯红灯是违反道路交通安全法律的行为，会被记相应的分值，一般为6分。

二. 学法减分的机制

• 学法减分是一种鼓励机动车驾驶人学习交通安全法律、法规的政策，通过学习可以减免部分记分。但需要注意的是，学法减分并不能抵消已经因违法行为产生的记分，而是在记分周期内进行的一种减免措施。

三. 记分周期与累积记分

• 机动车驾驶人的记分周期通常为一年，一年内累积记分达到一定分值（如12分），公安机关交通管理部门会扣留机动车驾驶证，进行道路交通安全法律、法规教育，并重新考试。
• 在你的问题中，虽然通过学法减分减掉了6分，但这并不表示这6分可以“抵消”之前闯红灯的记分。如果之后再次被扣3分，那么这3分会计入你的累积记分中。

四. 当前情况的法律后果

• 你目前的情况是，闯了两次红灯被记12分，然后通过学法减分减掉了6分，再被扣3分。这意味着你的累积记分仍然有9分（12-6+3=9）。
• 如果在一个记分周期内累积记分再次达到或超过12分，你将面临机动车驾驶证被扣留、进行道路交通安全法律、法规教育以及重新考试的法律后果。

我建议：你应严格遵守交通规则，避免再次闯红灯或其他违法行为，以确保你的驾驶证不被扣留。同时，你也可以继续通过学法减分来减免部分记分，但请记住，这并不能抵消已经产生的违法记分。如有进一步需要，您可以继续咨询我。