孩子三岁多了被查到是代孕的，代孕行为本身仍会被追责。以下是对此问题的详细分析：
一. 代孕行为的法律性质
代孕的禁止性规定：
- 根据《人类辅助生殖技术管理办法》第三条，医疗机构和医务人员不得实施任何形式的代孕技术。这意味着代孕行为在我国是明确被禁止的。
代孕协议的无效性：
- 《民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。由于代孕行为违反了上述管理办法，因此代孕协议在法律上是无效的。
二. 代孕行为的法律后果
行政责任：
- 根据《人类辅助生殖技术管理办法》第二十二条，开展人类辅助生殖技术的医疗机构如果实施代孕技术，将面临警告、罚款以及行政处分等处罚。
刑事责任：
- 代孕行为可能涉及多种犯罪，如非法行医罪（如果医务人员参与代孕活动）等。但需要注意的是，代孕母亲及委托代孕者本身并不构成犯罪，除非涉及其他违法行为如遗弃罪等。
三. 代孕子女的法律地位与权益保护
代孕子女的合法权益：
- 尽管代孕行为违法，但代孕所生子女的合法权益受到法律保护。《民法典》第一千零七十一条明确规定，非婚生子女（包括代孕所生子女）享有与婚生子女同等的权利，任何人不得加以危害或歧视。
亲子关系的认定：
- 在亲子关系认定上，我国法律主要遵循“分娩说”与“血缘说”相结合的原则。通常，代孕母亲被视为法律上的母亲，而精子提供者被视为生物学父亲。但具体情况可能因案件而异，需要通过法律程序进行确认。
四. 对代孕行为的建议
- 我的观点是，代孕行为在我国是明确被禁止的，不仅违反法律法规，而且存在诸多风险和隐患。对于已经通过代孕方式出生的孩子，其法律地位和权益应得到妥善保护，但代孕行为本身仍应受到法律的追责和惩罚。
综上所述，即使孩子已经三岁多，被查到是代孕的，代孕行为本身仍会被追责。同时，代孕所生子女的合法权益也应得到充分的法律保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。