代孕生出的小孩身体有问题，责任的追究需根据具体情况，从代孕协议的效力、代孕各方的过错、医疗机构责任以及法律后果等多个角度进行分析：
一、代孕协议的效力与责任
代孕协议无效：根据我国相关法律法规，代孕行为是明确禁止的，代孕协议因此被视为无效合同。这意味着，代孕双方无法通过代孕协议来约定各自的权利和义务，一旦发生纠纷，如小孩身体出现问题，无法直接依据代孕协议来追究责任。
责任追究的复杂性：由于代孕协议无效，当小孩身体出现问题时，责任的追究变得复杂。需要考察代孕过程中各方的行为，包括是否提供了健康的生殖细胞、是否在代孕过程中尽到了合理的注意义务等，以确定各方是否存在过错。
二、代孕各方的过错与责任
委托方（即希望获得孩子的夫妇）：如果委托方提供了有缺陷的生殖细胞（如精子或卵子），导致小孩身体出现问题，那么委托方可能需要承担一定的责任。这种责任可能基于侵权责任法，即因过错侵害他人民事权益而应承担的侵权责任。
代孕方（即代孕母亲）：代孕方在代孕过程中，如果未能尽到合理的注意义务，如未按照医嘱进行产检、未保持良好的生活习惯等，导致小孩身体出现问题，代孕方也可能需要承担一定的责任。然而，这种责任的追究可能受到法律和伦理的限制，因为代孕行为本身在我国是不被允许的。
中介机构（如有）：如果代孕过程中涉及了中介机构，且中介机构在代孕过程中存在过错，如未对委托方和代孕方进行充分的资质审查、未提供必要的医疗和法律咨询等，导致小孩身体出现问题，中介机构也可能需要承担一定的责任。
三、医疗机构的责任
医疗机构违规操作的责任：如果医疗机构在代孕过程中违反了相关法律法规或医疗规范，如使用了不合格的生殖细胞、未进行必要的产检等，导致小孩身体出现问题，医疗机构可能需要承担医疗事故的责任。这种责任可能基于医疗事故处理条例等相关法律法规。
医疗机构与代孕各方的关系：需要注意的是，医疗机构与代孕各方之间的关系可能比较复杂。医疗机构可能只是为代孕提供了技术上的支持，而并未直接参与代孕协议的签订和执行。因此，在追究医疗机构责任时，需要明确医疗机构在代孕过程中的具体角色和行为。
四、法律后果与建议
法律后果的多样性：由于代孕行为在我国是不被允许的，因此当小孩身体出现问题时，各方可能面临多种法律后果，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。具体后果取决于各方的过错程度、行为性质以及造成的后果等因素。
建议与措施：
代孕生出的小孩身体有问题时，责任的追究需根据具体情况进行复杂分析。建议各方在面临此类情况时，及时寻求专业律师的法律咨询，以了解自己的权利和义务，并确定合适的应对措施。