当公司进入破产清算程序后，被执行的案件处理方式会发生根本性变化，其核心在于保障全体债权人的公平受偿权。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据与基本原则
根据《中华人民共和国企业破产法》及相关司法解释，当公司被裁定受理破产申请后，所有针对该公司的执行程序应当中止。这是为了防止个别债权人通过执行程序优先获得清偿，从而损害其他债权人的利益。通过集体清偿程序替代个别执行，确保所有债权人能够在统一的破产程序中公平受偿。
二、具体处理程序
执行程序中止：
- 法院裁定受理破产申请后，所有针对债务人的执行措施立即停止。
- 已查封的财产需解除控制，移交管理人接管，如银行账户解冻、不动产解封等。
债权申报与确认：
- 执行案件中的债权人需在规定期限内向管理人申报债权，说明债权的数额和有无财产担保，并提交相关证据。
- 管理人审查后编制债权表，供债权人会议核查。异议期届满后，由法院裁定确认。
参与破产财产分配：
- 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照法定顺序进行分配。
- 普通债权处于最后清偿顺序，执行案件中的债权人作为普通债权人，按比例获得清偿。
执行终结：
- 如果公司破产程序终结后，无财产可供分配或财产分配完毕仍不足以清偿全部债务，执行程序终结。
- 未得到清偿的债权消灭，个别债权人不得再单独申请执行。
三、实务操作要点
管理人角色定位：
- 管理人需全面接管债务人财产，包括已启动执行的标的物。
- 管理人应主动通知已知债权人申报债权，避免因遗漏引发后续争议。
债权人权利救济：
- 对债权表记载有异议的，债权人可提起债权确认诉讼。
- 发现管理人有不当行为的，债权人可申请更换或追究责任。
特殊情形处理：
- 对于刑民交叉案件，需协调刑事追赃与执行程序的处置顺序。
- 对于关联企业实质合并破产，需穿透审查资产权属，统一分配。
执行转破产衔接：
- 符合“执转破”条件的案件，可通过移送审查机制转入破产程序。
- 需确保执行查控系统与破产管理平台数据互通，提升效率。
四、风险防控建议
对债权人的提示：
- 债权人应及时关注债务人破产动态，避免错过债权申报期限。
- 债权人应主动配合管理人调查，提供完整证据材料。
对管理人的要求：
- 管理人应建立执行案件台账，全面掌握涉诉资产状况。
- 管理人应强化与执行法院的沟通，防止财产被违规处置。
对法院的规范：
- 法院应完善执破衔接机制，建立信息共享平台。
- 法院应统一裁判尺度，避免同案不同判现象。
综上所述，当公司进入破产清算程序后，被执行的案件需遵循破产程序的规定进行处理，以保障全体债权人的公平受偿权。债权人应及时申报债权，积极参与破产财产分配，以最大程度实现自身权益。