建设工程施工合同补充协议中约定的让利15%是否有效，需视具体情况而定，但通常情况下，若该让利条款背离了中标合同的实质性内容，则可能被认定为无效。以下从不同角度进行分析：

一、法律条款的约束

根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二条：“招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。”价款作为合同的实质性内容，若补充协议中的让利条款改变了中标合同的价格，则可能被视为背离了中标合同的实质性内容，从而被认定为无效。

二、实务案例的参考

在实务中，已有类似案例表明，即使是非必要招标的中标合同，也不得在价格上做实质性更改。例如，在某案例中，发包人与承包人签订了中标合同后，又另行约定了让利条款，后双方就工程款结算问题未能达成一致，诉至法院。法院认为，让利条款是对中标合同内容的实质性改变，该约定无效。这一案例为判断建设工程施工合同补充协议中让利条款的有效性提供了参考。

三、让利条款有效性的具体判断

1. 若让利条款未背离中标合同实质性内容：

   • 如果补充协议中的让利条款并未改变中标合同的核心内容，如工程范围、建设工期、工程质量等，且双方意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形，则该让利条款可能是有效的。

2. 若让利条款背离中标合同实质性内容：

   • 如果补充协议中的让利条款显著改变了中标合同的价格，且没有合理的解释或依据，则可能被视为背离了中标合同的实质性内容，从而被认定为无效。

四、法律建议

1. 在签订补充协议时，应谨慎审查条款内容：

   • 确保补充协议中的条款不会背离中标合同的实质性内容，特别是工程价款等核心条款。

2. 若存在让利条款，应明确其合理性和依据：

   • 如果确实需要在补充协议中约定让利条款，应明确其合理性和依据，如因市场变化、成本降低等原因进行的合理调整。

3. 在发生纠纷时，及时寻求法律帮助：

   • 如果因补充协议中的让利条款发生纠纷，应及时咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果，以便采取合适的维权措施。

综上所述，建设工程施工合同补充协议中约定的让利15%是否有效，需根据具体情况判断。若该让利条款背离了中标合同的实质性内容，则可能被认定为无效。因此，在签订补充协议时，应谨慎审查条款内容，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。