核心结论：诈骗赃款用于填补单位亏损的处理需分情况讨论，主要涉及赃款追缴规则、单位责任认定及刑事/民事法律后果，具体如下：

1. 赃款追缴规则：优先返还被害人，单位无权“合法占有”

根据《刑法》第六十四条及《关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十条，诈骗所得财物应全额追缴，返还被害人；若无法直接返还，按比例退赔。即使赃款被用于填补单位亏损，单位亦无权保留该款项，公安机关需依法追缴，单位需配合退还。

例外情形：若单位对诈骗行为不知情（如员工私自挪用公款诈骗），且无管理过失，单位可能无需承担退赔责任，但需证明自身“善意取得”（如支付合理对价、无过错）。若单位明知或应知款项为赃款仍接受，可能被认定为“掩饰、隐瞒犯罪所得”，面临刑事追责。

2. 单位责任认定：是否构成共犯或单独犯罪

• 单位作为共犯：若单位组织、策划、参与诈骗（如集体决策通过虚假项目骗取资金），或明知员工诈骗仍提供帮助（如提供账户、盖章），单位可能被认定为诈骗罪共犯，需承担刑事责任，同时赃款需全额追缴。
• 单位无罪但需民事赔偿：若单位仅因管理漏洞导致赃款流入（如财务制度缺失），未参与诈骗，单位不构成犯罪，但被害人可提起民事诉讼，要求单位在过错范围内（如未尽审慎义务）承担补充赔偿责任。

3. 刑事与民事后果的区分处理

• 刑事层面：诈骗行为人（个人或单位直接责任人）将被追究刑事责任，赃款追缴不影响定罪量刑，但退赔情况可能作为从轻情节。
• 民事层面：被害人可同时提起刑事附带民事诉讼，要求返还赃款；若赃款已被单位消耗，被害人可主张单位在受益范围内（如亏损填补后单位实际获益）承担连带责任。

4. 实务建议：单位如何降低风险

• 自查自纠：发现员工涉嫌诈骗时，立即冻结相关账户，配合公安机关调查，避免“掩饰、隐瞒”嫌疑。
• 完善内控：建立财务审批、合同审查等制度，防止赃款流入单位账户。
• 主动退赔：若单位已使用赃款，应主动退还，争取从轻处理；若无力退赔，可与被害人协商分期偿还。

总结：诈骗赃款填补单位亏损的处理，核心在于区分单位是否参与犯罪、是否尽到审慎义务。单位需积极配合追缴，避免刑事风险；被害人可通过刑事追缴与民事诉讼双重途径维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。