核心结论：若房子在其父亲名下，离婚协议中通常无法直接对该房产进行分割处理，但可从明确财产性质、约定使用或补偿等方面在协议中作出安排。以下是详细说明：
明确房产归属及性质
首先要明确，登记在其父亲名下的房子，从法律上不属于夫妻共同财产。在离婚协议中，应明确写明该房产的产权归属（即归其父亲所有），并说明因房产不属于夫妻共同财产，故在本次离婚中不进行分割。例如可以这样表述：“双方确认，位于[具体地址]的房产，产权登记在男方父亲[父亲姓名]名下，该房产不属于夫妻共同财产，双方在本次离婚中均不对该房产主张任何权利。”
约定房产使用（如有需要）
如果夫妻双方在婚姻关系存续期间一直居住在该房产内，且离婚后一方可能暂时没有其他居住场所，可以在离婚协议中约定该房产的使用情况。比如约定在一定期限内（如一年），某一方可以继续居住在该房产内，但应明确居住期限、是否需要支付租金等相关事项。例如：“考虑到女方离婚后暂无其他居住场所，双方约定女方可在位于[具体地址]的房产内继续居住至[具体日期]，居住期间女方无需向男方或男方父亲支付租金，但应妥善保管房屋内设施，不得损坏。居住期满后，女方应立即搬离该房产。”
经济补偿约定（如有特殊情况）
如果存在一些特殊情况，比如一方在婚姻关系存续期间对该房产的购置、装修等有较大贡献，但房产又登记在其父亲名下，双方可以在离婚协议中约定经济补偿的方式和金额。不过，这种补偿需要双方自愿协商达成一致，且补偿金额应合理。例如：“男方在婚姻关系存续期间，为位于[具体地址]房产的装修支付了[X]元费用。考虑到男方对该房产的贡献，女方同意向男方支付经济补偿[X]元，该补偿款应在双方办理离婚登记手续之日起[X]日内支付完毕。”
其他相关事项约定
除了上述内容外，离婚协议还可以对与该房产相关的其他事项进行约定，比如如果未来该房产发生转让、继承等情况，双方应如何配合等。例如：“若位于[具体地址]的房产在未来发生转让、继承等事宜，双方应互相配合办理相关手续，但因此产生的费用由产权人自行承担。”
注意事项：离婚协议的内容应具体、明确，避免使用模糊、歧义的表述。在签订离婚协议前，建议双方对协议内容进行充分沟通和协商，确保双方的真实意愿都能在协议中得到体现。如果对协议内容存在疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询。