非等比例减资全体股东没有一致同意时，股东会决议的效力存在争议，可能被认定为有效，也可能被认定为无效，具体取决于司法实践中的不同观点和案件具体情况。以下从不同角度进行分析：

一、决议可能被认定为有效的观点及依据

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国公司法（2018修正）》第四十三条，股东会会议作出减少注册资本的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。该条款并未区分等比例减资和非等比例减资，因此，从字面解释来看，非等比例减资的决议也只需经代表三分之二以上表决权的股东通过即可。

2. 司法案例支持：

   • 在吕琦诉上海鸿洋船舶有限公司公司决议纠纷一案中，法院认为，虽然小股东投反对票，但因大股东投票同意该决议，且该决议内容已经代表三分之二以上表决权的股东通过，符合《公司法》的规定，因此认定股东会决议有效。

二、决议可能被认定为无效的观点及依据

1. 股权架构保护原则：

   • 不同比减资会直接突破公司设立时的股权分配情况。如果只需经三分之二以上表决权的股东通过即可做出不同比减资决议，实际上是以多数决形式改变公司设立时经发起人一致决所形成的股权架构。因此，对于不同比减资，在全体股东或者公司章程另有约定除外，应当由全体股东一致同意。

2. 小股东权利保护：

   • 非等比例减资可能损害小股东的合法权益，如知情权、参与重大决策权等。如果未通知小股东参加会议，或者未充分尊重小股东的意愿，该等减资的股东会决议可能因违反法律原则或损害小股东利益而被认定为无效。

3. 司法案例支持：

   • 在华宏伟诉上海圣甲虫电子商务有限公司公司决议纠纷一案中，二审法院认为，对于不同比减资，在全体股东或者公司章程另有约定除外，应当由全体股东一致同意。因此，认定非等比例减资的股东会决议无效。
   • 在江阴联通实业有限公司与陈玉和公司决议效力确认纠纷中，法院也认为，联通公司未依照公司章程规定通知小股东参加相关股东会会议，直接剥夺了小股东的知情权、参与重大决策权等程序权利，损害了小股东的合法利益，因此认定相关股东会减资决议无效。

三、法律建议

1. 尊重小股东意愿：

   • 在进行非等比例减资时，大股东应充分尊重小股东的意愿，保护小股东的知情权、参与重大决策权等权利，避免因程序瑕疵或损害小股东利益而导致股东会决议被认定为无效。

2. 完善公司章程：

   • 公司可以在章程中明确规定非等比例减资的表决方式和程序，如要求全体股东一致同意等，以减少争议和风险。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果在非等比例减资过程中遇到法律问题或争议，建议及时寻求专业律师的帮助，以确保决策的合法性和有效性。

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