农村征地时，只征大部分土地而留下少部分不征，在符合法律规定和程序的前提下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
符合公共利益需求：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。如果征收大部分土地是为了满足公共利益，如建设基础设施、公共设施等，且剩余土地不影响整体项目的实施和公共利益的实现，那么留下少部分土地不征是合法的。
遵循法定程序：
- 征收土地必须遵循严格的法定程序，包括发布征收公告、进行土地现状调查、与社会稳定性风险评估、拟定征地补偿安置方案并公告、组织听证、签订征地补偿安置协议等。如果征收方在征收大部分土地时，已经按照法定程序进行了操作，且剩余土地的征收不符合当前公共利益需求或经济合理性，那么留下少部分土地不征也是合法的。
经济合理性考虑：
- 在某些情况下，征收全部土地可能并不经济合理。例如，剩余土地可能面积较小、价值较低，或者征收后难以进行有效利用。在这种情况下，征收方可能会选择只征收大部分土地，而留下少部分土地不征，以节约征收成本和提高土地利用效率。
非法情形及后果
未遵循法定程序：
- 如果征收方在征收土地时未遵循法定程序，如未发布征收公告、未进行土地现状调查等，那么即使只征收了大部分土地，也是非法的。这种情况下，被征收方有权拒绝征收，并可以要求征收方承担相应的法律责任。
损害被征收方权益：
- 如果征收方在征收大部分土地时，损害了被征收方的合法权益，如未给予合理补偿、未提供安置方案等，那么留下少部分土地不征也可能构成非法。被征收方可以通过法律途径维护自己的权益，要求征收方给予合理补偿和安置。
建议与注意事项
- 了解征收程序：作为被征收方，您应该了解征收土地的法定程序，确保自己的权益不受损害。如果发现征收方未遵循法定程序，您可以及时向相关部门举报或寻求法律援助。
- 要求合理补偿：在征收过程中，您有权要求征收方给予合理补偿。如果认为补偿不合理，您可以与征收方进行协商或通过法律途径解决争议。
- 保留相关证据：在征收过程中，您应该保留好相关证据，如征收公告、补偿协议等。这些证据在后续维权过程中可能起到关键作用。
如果您在农村征地过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。